עיכול חלבוני מתחיל קודם כול בקיבה, הסביבה החומצית מאוד שיכולה לשבש את מבנה החלבון, ולחשוף קשרים פפטידיים בתוך שרשרת פוליפפטידית. לדוגמה, אנזים הקיבה פפסין מפרק את הקשרים ליצירת שברי פפטידים קטנים יותר, שרשראות קצרות יותר של חומצות אמינו. בעוד הפפטידים עוברים לתריסריון, כניסתה של עיסה מפעילה כמה אנזימים אחרים, כמו טריפסין, הממשיכים לפרק את הקשרים הפפטידיים וליצור מגוון של פפטידים קצרים אף יותר.משטח אפיתלי של המעי הדק מפריש מספר פפטידאזים, שהם אנזימים המפרקים שרשראות פפטיד קצרות לחומצות אמינו בודדות. חומצות אמינו אלה נספגות אז לזרם הדם, שבו הן יכולות לנוע ברחבי הגוף כדי לשמש לסינתזת חלבונים, או לעבור אל הכבד, שבו הן משמשות להפקת אנרגיה.