蛋白质消化始于胃部，胃部的高酸性环境很容易通过暴露多肽链的肽键破坏蛋白质结构。多肽链被一系列消化酶分解成单个氨基酸后，氨基酸通过血流输送到肝脏产生能量。
胃蛋白酶是一种在胃中产生的蛋白酶或蛋白质消化酶，是人类消化系统的主要消化酶之一。胃蛋白酶与小肠释放的糜蛋白酶和胰蛋白酶结合，切断特定类型氨基酸之间的联系，形成较短的多肽链。其他酶，称为肽酶，然后一次从这些多肽链的末端分离出一个氨基酸。小肠很容易吸收由此产生的氨基酸。
肝脏在蛋白质代谢中起着重要作用。肝细胞改变小肠中被消化的氨基酸，使它们可以用来产生能量或制造碳水化合物和脂肪。这个过程的副产物是一种叫做氨的有毒物质，然后肝脏转化成一种毒性更小的物质，叫做尿素。然后尿素被释放到血液中并输送到肾脏，肾脏通过尿液将尿素排出体外。
