בחצי השני של גליקוליזה, שתי המולקולות של גליצראלדהיד-3-פוספט, G3P, מחומצנות באמצעות התגובה המזורזת על-ידי האנזים גליצראלדהיד פוספט דהידרוגנאז, וקבוצת פוספט מצורפת לסוכר הבלתי יציב ליצירת 3, 1-ביספוספוגליצראט. כתוצאה מכך, שני אלקטרונים בעלי אנרגיה גבוהה ושני פרוטונים משוחררים ונאספים על-ידי הנשא NAD, ויוצרים שני NADH ויוני מימן. אז, פוספוגליצראט קינאז מעביר קבוצת פוספט אחת ADP-מכל אחד מ-3, 1-ביספוספוגליצראטים ל, ATP מה שמניב שתי מולקולות של ושל 3-פוספוגליצראט.אז, האנזים פוספוגליצראט מוטאז ממיר את המולקולה הזאת לאיזומר שלה, 2-פוספוגליצראט, מה שמאפשר לאנזים אנולאז לשחרר מולקולת מים, וליצור מבנה חדש בעל קשר כפול PEP פוספואנולפירובט, או. בעזרת פירובט קינאז, PEP-מולקולות הפוספט מוסרות מ מה שמניב ADP-וניתנות ל שתי מולקולות ATP נוספות, יחד עם התוצר הסופי פירובט. לפיכך, בסוף הגליקוליזה, נוצר סך נטו של שני ATP, יחד עם שני NADHs ושתי מולקולות פירובט.בנוכחות חמצן, ניתן להמשיך לפרק את פירובט, בעוד NADH יכול למסור את האלקטרונים שלו לתוך שרשרת מעבר האלקטרונים כדי להפיק מחדש את NAD.