Denne protokollen beskriver hvordan man opprettholder Escherichia coli Long-Term Evolution Experiment (LTEE) ved å utføre daglige overføringer og periodiske nedfrysninger, og hvordan man gjennomfører konkurranseanalyser for å måle kondisjonsforbedringer i utviklede bakterier. Disse prosedyrene kan tjene som en mal for forskere som starter sine egne mikrobielle evolusjonseksperimenter.