Denne protokol beskriver, hvordan man opretholder Escherichia coli Long-Term Evolution Experiment (LTEE) ved at udføre sine daglige overførsler og periodiske frysninger, og hvordan man udfører konkurrenceanalyser for at måle fitnessforbedringer i udviklede bakterier. Disse procedurer kan tjene som en skabelon for forskere, der starter deres egne mikrobielle evolutionseksperimenter.