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JUMPn:蛋白质共表达聚类和网络分析在蛋白质组学中的简化应用
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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics
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Click here for the English version.
JUMPn:蛋白质共表达聚类和网络分析在蛋白质组学中的简化应用
DOI:
10.3791/62796-v
•
07:28 min
•
October 19, 2021
•
David Vanderwall
,
Poudel Suresh
2
,
Yingxue Fu
,
Ji-Hoon Cho
,
Timothy I. Shaw
3
,
Ashutosh Mishra
,
Anthony A. High
,
Junmin Peng
2
,
Yuxin Li
2
1
Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology
,
St. Jude Children’s Research Hospital
,
2
Center for Proteomics and Metabolomics
,
St. Jude Children’s Research Hospital
,
3
Department of Computational Biology
,
St. Jude Children’s Research Hospital
Chapters
00:04
Introduction
01:03
Setup of JUMPn Software
01:31
Demo Run Using an Example Dataset
06:04
Results: Workflow of JUMPn Software and the Protein-Protein Interaction Database
07:00
Conclusion
Summary
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Türkçe (Turkish)
자동 번역
我们提出了一个系统生物学工具JUMPn,用于执行和可视化定量蛋白质组学数据的网络分析,其详细的方案包括数据预处理,共表达聚类,途径富集和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络分析。
Tags
Protein Co-expression
Clustering
Network Analysis
Proteomics
JUMPn Software
Co-expression Clustering
Pathway Enrichment
PPI Module Detection
User-friendly Interface
Interactive Visualization
Phosphoproteomics
Interactome Data
WGCNA Algorithm
Co-expression Patterns
Trends Plot
Pathway Ontology Enrichment Heatmap
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