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Una piattaforma di macchine virtuali per professionisti non informatici per l'utilizzo del deep learning per classificare sequenze biologiche di dati metagenomici
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JoVE 신문 유전학
A Virtual Machine Platform for Non-Computer Professionals for Using Deep Learning to Classify Biological Sequences of Metagenomic Data
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Una piattaforma di macchine virtuali per professionisti non informatici per l'utilizzo del deep learning per classificare sequenze biologiche di dati metagenomici

DOI:
10.3791/62250-v

•

09:34 min

•

September 25, 2021

•

,
1Microbiome Medicine Center, Department of Laboratory Medicine, Zhujiang Hospital,Southern Medical University, 2Center for Quantitative Biology,Peking University, 3State Key Laboratory of Organ Failure Research,Southern Medical University

Chapters

  • 00:07Introduction
  • 01:35The Installation of the Virtual Machine
  • 04:11Create Shared Folders and Prepare the Files for the Training Set and Test Set
  • 06:55Digitize the Biological Sequences Using “One‐Shot” Encoding Form
  • 07:27Train and Test the Artificial Neural Network
  • 08:12Result
  • 08:52Conclusion

Summary

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Questo tutorial descrive un metodo semplice per costruire un algoritmo di deep learning per eseguire la classificazione di sequenze a 2 classi di dati metagenomici.

Tags

Virtual MachineDeep LearningBiological Sequence ClassificationMetagenomic DataSpecies ClassificationGene Function ClassificationHost ClassificationDeep Learning FrameworkSequence ClassificationVirtualBoxUbuntu

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