Denne protokol beskriver en fuldt integreret arbejdsgang til karakterisering histon posttranslationelle modifikationer ved hjælp af massespektrometri (MS). Arbejdsgangen omfatter histon rensning fra cellekulturer eller væv, histon derivatisering og fordøjelse, MS analyse ved hjælp af nano-flow væskekromatografi og instruktioner til dataanalyse. Protokollen er designet til færdiggørelse i 2 - 3 dage.