Journal
/
생물학
/
Ett protokoll för datorbaserad proteiners struktur och funktion förutsägelse
JoVE 신문
생물학
This content is Free Access.
JoVE 신문 생물학
A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Ett protokoll för datorbaserad proteiners struktur och funktion förutsägelse

DOI:
10.3791/3259-v

•

16:41 min

•

November 03, 2011

•

, , ,
1Center for Computational Medicine and Bioinformatics,University of Michigan , 2Center for Bioinformatics and Department of Molecular Bioscience,University of Kansas

Chapters

  • 00:05Title
  • 02:21Running the I-TASSER Server
  • 03:37Structure Analysis
  • 05:58LOMETS Target Template Alignment
  • 07:30Structural Analogs in PDB and Enzyme Commission Number Prediction
  • 09:20Gene Ontology (GO) Term and Protein-ligand Bind site Predictions
  • 12:05Representative I-TASSER Results
  • 15:43Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

Riktlinjer för datorbaserad strukturella och funktionella karakterisering av protein med hjälp av I-TASSER pipeline beskrivs. Från frågan protein sekvens, är 3D-modeller skapas med hjälp av flera gängning väglinjer och iterativ konstruktionsmontering simuleringar. Funktionella slutsatser som därefter dras baserade på matcher till proteiner med känd struktur och funktioner.

Tags

ProtocolComputer-basedProtein StructureFunction PredictionGenome Sequencing ProjectsProtein SequenceStructure And Function KnowledgeExperimental MethodsComputational ModelingI-TASSER ServerSecondary Structure PredictionSolvent Accessibility PredictionHomologous Template ProteinsStructure AlignmentsTertiary Structural ModelsStructure-based Functional AnnotationsConfidence ScoreEnd UsersUser-specified Inter-residue DistanceContact MapsI-TASSER ModelingTemplate ProteinsStructure Assembly Simulations

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

check_url/kr/3259?article_type=v

Betydelsen av korrekt proteinkoncentration för kinetik och affinitet Bestämning i struktur och funktion Analys
check_url/kr/3259?article_type=v

Använda GELFREE 8100 Fraktionering System för Molekylär viktbaserad fraktionering med vätskefasen Recovery
check_url/kr/3259?article_type=v

Analys av utveckling av en morfologisk Fenotyp som en funktion av proteinkoncentration i Budding Jäst
check_url/kr/3259?article_type=v

Ett protokoll för identifiering av protein-proteininteraktioner Baserat på<sup> 15</sup> N metabolisk märkning, immunoutfällning, kvantitativa masspektrometri och Affinity modulering
check_url/kr/3259?article_type=v

Använda högupplöst datortomografi för att visualisera den tredimensionella strukturen och funktion växt kärlsystem
check_url/kr/3259?article_type=v

RNA förutsägelser av sekundär struktur med high-throughput SHAPE
check_url/kr/3259?article_type=v

Ett protokoll för Fag Display och Affinity val med rekombinanta protein Beten
check_url/kr/3259?article_type=v

Undersökning av protein-proteininteraktioner i levande celler med hjälp Bioluminescence Resonance Energy Transfer
check_url/kr/3259?article_type=v

Upptäcka protein interaktioner och karakterisering Protein Funktion med HaloTag Technology
check_url/kr/3259?article_type=v

Funktionell beredning och Kanalaktivitets Mätningar av renat Vildtyps och Mutant CFTR Protein

Read Article