Harwellの結晶化施設とダイヤモンド光源Beamline VMXiを用いた結晶化とその 場 室温データ収集

1. Harwellの結晶化施設を使用した in situ プレート内の結晶の生成 注: CF へのアクセスは、プロジェクトのアプリケーションとユーザー タイプ (アカデミックまたは業界) によって異なります。XChemおよびMPLプロジェクトには、ユーザー管理システム(UAS)を介した独自の提案申請システムがあり、標準アクセスルート(iNEXT DiscoveryおよびEUbOPENを含む)またはBAGアクセスを介して提出できます。以下のプロトコルは、VMXi ユーザーに固有のものです。 提案書の提出と訪問の準備プロジェクトに関する情報を BAG プロポーザル アプリケーションに提供するか、アクティブな BAG プロポーザルに追加します。通常、事務処理を整理するBAGコーディネーターがいます。または、ビームラインへのアクセスのための迅速なアクセス提案を提出してください。 宅配便または直接現場に到着する前に、サンプルがUASに登録され、提案書の安全性が検証されていることを確認してください。 ユーザーが (FedID とパスワードで) 登録されていることを確認します。 ユーザーが BAG コーディネーターによって UAS のアソシエイトとして MX プロポーザルに追加されていることを確認します。 ビームライン結晶化試料詳細フォームに必要事項を記入し、VMXi@diamond.ac.uk に送付してください。 ビームラインのスタッフと実験の必要条件やビームラインの空き状況について連絡を取り合う。 タンパク質サンプルを出荷する場合は、事前の手配によってのみサンプルをお送りください。詳細については、セクション 1.2 を参照してください。 ユーザーがCFに結晶化プレートを設置するために現場に来る場合は、施設の機器を使用する時間帯の空き状況について施設のスタッフに確認し、セクション1.2.1に従ってください。 ユーザーがプレートを現場に持ち込む場合は、サンプルが正しいプレートタイプに分注され、結晶化滴を正しい場所と量に配置してください。セクション 1.2.2 に従ってください。ビームラインは、特異的な in situ結晶化プレート(Greiner CrystalQuickXおよびMiTeGen In Situ-1)のみを受け入れます。液滴が200nL以下であることを確認してください。 CFでの結晶化実験注:この施設では、蒸気拡散や、オイルやLCP下でのバッチ結晶化など、多くのハイスループット高分子結晶化法を提供しています。70-100 μLの純粋なタンパク質から始めて、100 nLのタンパク質溶液と100 nLの結晶化リザーバー溶液の比率を使用し、プレートを20°Cでインキュベートして、3つのスクリーンで可溶性タンパク質の蒸気拡散実験を行うことをお勧めします。 施設内には多くの業務用スクリーンが設置されています。湿度と温度の制御は、4°Cと20°Cが最もよく使用されます。CFを訪問するユーザーは、標準化されたトレーニングを受け、結晶化装置の操作をサポートし、ここで説明する設定を使用します。CFでセットアップするためのサンプルの出荷注:現場に到着する前に、タンパク質サンプルはUASシステム内の提案書で検証されている必要があります。タンパク質サンプルが現場に到着すると、スタッフのメンバーは、ユーザーとの以前のコミュニケーションで指示されたように結晶化実験を設定します。確認書は、実験用結晶化プレートのバーコード情報を記載した電子メールで送信されます。ユーザーは、結晶化プレートを容器として関連する提案に追加するよう求められます。これが完了すると、プレートは結晶化施設またはビームラインの自動イメージャーに保管できます。ISPyBは、ビームラインでの相互作用に使用されるインターフェースです。結晶化のための濃度のタンパク質サンプル溶液を25 μLのアリコートの倍数で提供します。タンパク質サンプルを含むサンプルチューブに明確にラベルを付けます。 必要に応じて、タンパク質緩衝液、リガンド溶液、またはリザーバー溶液を用意します。 どのスクリーンとドロップ率を使用すべきかを施設スタッフに伝えます。 結晶化プレートの設定注:Greiner CrystalQuickX および MiTeGen In Situ-1 プレートの結晶化滴は、特定の場所に配置する必要があります。他の場所でセットアップされたプレートは、ここで説明する次のMosquito13 設定を使用する必要があります。MiTeGen In Situ-1 のプレート定義を調整するには、Mosquito SPT ソフトウェアを開き、設定 | 96ウェル |MiTeGen In Situ-1(96 x 2滴)(図2A)。編集ボタンをクリックし、サブウェル 2 の位置の値を修正します: X オフセットを – 1.2 に、Y オフセットを 1.8 に、サブウェル 3 の位置: X オフセットを 1.3 に、Y オフセットを 1.8 に修正します(図 2B、C)。 Greiner CrystalQuickXのプレート定義を調整するには、Mosquito SPTソフトウェアを開き、設定 | 96ウェル |Greiner CrystalQuickX(図2D)。編集ボタンをクリックし、サブウェル 1 の位置の値を修正します: X オフセットを – 1.95 に、Y オフセットを 1.45 に、サブウェル 2 の位置の X オフセットを 1.95 に、Y オフセットを 1.45 に修正します(図 2E、F)。 2. ダイヤモンド光源のビームラインの利用 注:ユーザーによるビームラインとのやり取りはすべて、ISPyB11 インターフェースを使用してリモートで行われます。ビームラインに物理的に立ち会う必要はなく、データは特定の時間にスケジュールされるのではなく、キューベースのシステムを使用して収集されます。ユーザーには、ダイヤモンド光源へのアクセスに関連付けられた提案書があります。ビームラインでは、各結晶化プレートに固有の訪問が割り当てられ、100 Kのサンプルを含むパックに類似したISPyB11 内の「コンテナ」として定義されます。 最適化画面はSynchWebインターフェースを使用して作成できないため、通常はコメントセクションに情報が追加されます(ステップ2.1.4を参照)。プレートの所有者は、イメージングに関する電子メールとプレートの完了通知を受け取るため、プレートを登録する個人は電子メールアドレスを確認する必要があります。 プレートの登録適切なダイヤモンドFedIDでISPyBにログインし、[プロポーザル]を選択します。スクロールするか、検索バーに提案番号を入力して、関心のある提案を検索します。プロポーザル番号(図3A)の下のドロップダウンメニューから[出荷]を選択すると、[出荷]ウィンドウが開き、そのプロポーザルの出荷が表示されます。右上の[+納品の追加]をクリックして[新しい納品の追加]ウィンドウを開き、納品に名前を付けて[自動/イメージャー]をクリックし、左下の[納品の追加]ボタンをクリックします(図3C)。 出荷ウィンドウ(図3D)で[ +Add Container]をクリックすると、[ Add container ]ページビューが表示されます(図3E)。[ コンテナタイプ] ドロップダウンメニューで、関連するプレートタイプのいずれかを選択します。ページは、選択したコンテナタイプを反映するように変更されます。 バーコード と 容器名 は、実験プレートに固有のビームラインスタッフからの電子メールの指示に従って入力してください。大文字と小文字が区別されることに注意してください。 [Requested Imager]ドロップダウンメニューから[VMXi 20 °C imager]を選択し、[Imaging Schedule]ドロップダウンメニューから[Fibonacci imaging schedule]を選択し、[Crystallization Screen]ドロップダウンメニューから結晶化画面、[Owner]ドロップダウンメニューからユーザー名を選択し、[View]ボタンをクリックして、[Email]ボックスに正しい連絡先の電子メールアドレスを入力します(図3F)。 プレートの詳細を [コメント] ボックスに入力します。 [Protein ]ドロップダウンメニューから関連するサンプルを選択し、UASに登録され、Diamond社が承認した頭字語を実験計画書に使用します。[ サンプル名 ] ボックスに同じ名前を入力します。残りのボックスは空のままにします。 +プレートアイコンをクリックすると、プレート全体にサンプルが複製され、コンテナ全体に緑色の四角が入ります。ページ下部の [+ コンテナーの追加] をクリックして、プレートを登録します。ビームラインのスタッフに依頼して、プレートを適切なイメージャーに移し、そこで保管してイメージングします。容器がイメージャーに保存されると訪問が生成され、ユーザーはプレートとその画像へのリンクが記載された電子メールを受信します。 イメージング結果の表示目的のプロポーザルに移動し(手順2.1.1)、プロポーザル番号の下のドロップダウンメニューから[コンテナ]を選択し、プロポーザルで使用可能なコンテナのリストを確認します。他のサンプルホルダータイプが存在する場合は、フィルタープレートを選択します。検索をさらに絞り込むには、[My Containers] ボックスをオンにして、現在ログインしているユーザ ID に関連付けられている最も関連性の高いコンテナのみを表示します。カーソルを個々の行の上に移動し、マウスを左クリックして、適切なコンテナをクリックします。 容器を選択すると、プレートの概要を示す新しいビューが表示されます(図4A)。ディスプレイの左側にあるプレート表示のドロップをクリックすると、それぞれのドロップの最新の画像が表示されます。矢印キーを使用してドロップ間を移動するか、マウス/カーソルを使用して個々のドロップを選択します。 ドロップの履歴画像を表示するには、[ H ]ボタンをクリックして、現在のウェルドロップ画像の上に画像のポップアップギャラリーが表示されるのを待ちます。個々の画像の上にカーソルを置くと、メインのドロップ画像が更新されます。 0 から 9 のボタンを押して、各ドロップのステータスを示す画像をスコアリングします。個々のカテゴリーを表示するには、ドロップ画像の左上にあるドロップダウンメニューの[スコア]を開きます。画像内の「結晶」を探すようにトレーニングされたアルゴリズム(CHiMP)の結果である、各ドロップ画像の青い十字を探します。 ドロップ画像の右上にある 「測定 」という3番目のアイコンボタンをクリックして、測定ツールにアクセスします。このツールを使用するには、 線をクリックしてドラッグすると、定規が伸びて距離をμmで指定します。 追加のイメージングセッションをリクエストするには、ページ下部の[アクション]見出しの横にあるドロップダウンボックスから[表示]または[UV]をクリックします。次に、[Request Plate Imaging] ボタンをクリックします。 結晶選択/CHiMPデータ収集用のポイントを手動で追加するには、[ +ポイントをマーク ]ボタンを押します。目的のポイントにカーソルを合わせて選択します。赤い十字が表示されるのを待ちます。注: ドロップごとに最大 100 個のオブジェクトを作成できます。 すべてのポイントがマークされたら、[ + 完了 ] ボタンをクリックします。また、オブジェクトの測定を試みる前に、 +完了 ボタンをクリックすることを忘れないでください。グリッドスキャンでデータ収集する領域を追加するには、「 +領域をマーク 」ボタンをクリックします。 左上のポイント をクリックし、上下にドラッグして、ビームライン上でラスタースキャンする領域を作成します。ポイントと同様に、必要なすべての領域が作成されたら、[ +完了] ボタンをクリックします。注: 多数の小さな領域を作成するよりも、1 つの大きな領域を作成する方が適切です。 液滴画像にすでにある青い十字は、結晶物体(CHiMP)を自動的に特定するように設計されたアルゴリズムの結果です。結晶化滴のCHiMP評価を視覚化するには、 自動スコアを表示 チェックボックスをクリックし、 クラスのドロップダウンメニューを変更します。通常、ここで最も有用な設定は 水晶オプション です(図4B)。注:これは新機能であり、すべての結晶が見つかる保証はなく、結晶ではない他のオブジェクトも検出される場合があります。 すべてのポイントと領域がそれぞれのドロップでマークされたら、ページ下部の [ データ収集の準備 ] ボタンをクリックします。 データ収集用のサンプルの準備前のステップで選択したポイントまたは領域を含むサンプル、または自動的に配置されたサンプルのリストを観察します(図4C)。 「+ 」ボタンを押して個々のポイントまたは領域を追加するか、「 現在のページをキューに追加 」ボタンをクリックして表示されているすべてのサンプルを追加します。 フィルタは 、点点、領域点、自動点、 または 手動 点のみを表示するために使用できます。撮影されていない(つまり、X線にさらされていない)サンプルのみを表示するには、フィルターボタンの上にある[ データなし ]および [未完了 ]オプションをクリックします。 それぞれの行をクリックして個々のサンプルを選択し、画面の右側の画像を更新して、正しいドロップと個々のポイントを表示します。リストに多数のサンプルがある場合は、ドロップダウンメニューを選択して、デフォルトを10、表示されるサンプルの最大数を最大100まで選択して、ページごとに表示されるサンプル数を増やします。 すべてのポイントと領域をキューに追加したら、すべての実験データ収集パラメーターが各実験に関連付けられていることを確認します。ポイント(Point)、リージョン(Region)、手動(Manual)、自動(Auto)のフィルタを使用します。[Point]フィルターをクリックし、フィルターボタンの下にある[Select all]チェックボックスをクリックすると、現在の[Queued Samples]リストに表示されているすべてのサンプルにパラメーターが同時に適用されます。 画面右側のドロップ写真の下にあるドロップダウンメニューから実験パラメータを選択します(図4D)。 リージョンの場合は、 グリッドスキャン DMM 10 ミクロンステップ、100% 透過のオプションを選択します。他のすべての ポイント 実験では、必要に応じてドロップダウンメニューから他のオプションを選択します。 発振データを収集するには、 Omega Scan DMM 60度5%の透過率 オプションをクリックして、個々のサンプルから最大量のデータを収集します。非常に小さな結晶や放射線に敏感なサンプルには小さな回転を適用し、特定の結晶形態に関する以前の経験に基づいて透過率を変化させます。すべてのサンプルに実験用パラメータが正しく適用されたら、ページ下部の[ キューコンテナ ]ボタンをクリックします。 プレートがキューの一番上に到達すると、ビームラインに提示され、データセットが収集され、ビームライン内のサンプル保管庫に戻されます。プレートからのデータ収集が完了したら、関連データにアクセスするためのリンクが記載されたメールを探します。 サンプルグループの作成注:サンプルグループを作成して、複数の滴またはプレートに類似したサンプルをグループ化できます。これらのサンプルグループ内のすべてのデータセットは、DIALSによって処理された後、xia2.multiplex14 パイプラインを使用して処理されます。これは、非常に小さなくさび状のデータを多数収集する場合に有用であり、リガンド結合実験のシグナル対ノイズ比を高めるのにも役立ちます。プロポーザル番号の下のドロップダウンメニューから[サンプルグループ管理]を選択します。他のユーザーが既に作成しているグループの一覧を探します。新しいグループを生成するには、「+サンプルグループを作成」ボタンをクリックします。[Create Sample Group]ページのドロップダウンメニューから出荷をクリックして、サンプルビューアを表示します(図5A)。入力されたリストから、関連するサンプルを含むコンテナをクリックします。 コンテナーをクリックしたら、プレートの概要を示すグラフィックを探します。 個々のドロップをクリックしてドロップを個別にクリックするか(図5B)、関連する行、文字、または列番号をクリックして行または列のドロップをクリックします。個々のグループに関連付けられているすべてのウェルを選択したら、「 サンプルグループ名」(Sample Group Name ) ボックスにグループの名前を入力し、「 サンプルグループを保存」(Save Sample Group ) ボタンをクリックします。このページの[ View Sample Groups ]ボタンをクリックして、プロポーザルに関連付けられているすでに生成されているサンプルグループのリストに戻ります(図5C)。 サンプルグループの編集「 サンプル・グループ管理 」ページのグループ・リストからサンプル・グループをクリックします。 グループ情報の下に表示されるコンテナの横にある [+Edit Sample Group ]ボタンをクリックします(図5C)。 すでにサンプルグループに関連付けられている液滴が、プレートの概要で強調表示されているのを観察します。 前と同様に、水滴、ウェル、または列をクリックして、サンプルグループに滴を追加します。注: ドロップをサンプルグループから削除することはできません。 ドロップを追加したら、 サンプルグループ名 を編集して保存するか、[ サンプルグループを保存 ]ボタンをクリックして保存します。 サンプルグループの出力の視覚化と分析サンプル グループのリストから個々のグループをクリックすると、そのグループに関連付けられているコンテナーのプレートの概要が表示されます。このディスプレイでは、グループに含まれるドロップが強調表示されます(図5D)。 このグループでデータが収集されている場合は、時系列で最後の 3 つのマルチプレックス・ジョブを含むリストを探します。 多重実行の行をクリックして、以下の処理結果を更新します。 グループに関連付けられているデータセットの数を示す クイックリンク ボタンを確認します。このボタンをクリックすると、新しい 「データ・コレクション 」ページが開き、個々のデータセット・コレクションが表示されます。 3. 自動データ処理へのアクセス 注: 収集されたデータは、いくつかの自動データ処理パイプラインを通過します。ダイヤモンド社のMXビームライン全体で使用される4つの標準パイプラインも、ビームラインで収集されたデータに基づいて実行されます。’fast_dp’、’xia2 dials’、’xia2 3dii’、および ‘autoPROC’15 です。「fast_dp」は、品質を迅速に評価するための高速データ削減を提供します。他の 3 つのパイプラインでは、より多くの計算時間が必要であり、比較のためにさまざまな異なるデータ削減ソフトウェア パッケージが実行されます。したがって、出力は通常、「fast_dp」出力よりも高品質です。また、ビームラインで収集されたデータセットは、自動多結晶マージソフトウェア「xia2.multiplex」14を通過し、定義されたグループ内のすべてのデータセットをマージします。現在、グリッドスキャンは自動的に処理されていませんが、「xia2.ssx」パイプラインを使用してデータを手動で処理できます。自動処理パイプラインの結果は、次のプロトコルを使用して ISPyB11 で見つけることができます。 データセットの検索上記の手順でISPyBにログインし 、[プロポーザル]を選択します。 スクロールするか、検索バーに提案番号を入力して、 関心のある提案 を検索します。 画面に表示されるリストから 目的の訪問 をクリックして、その訪問の 「データ収集」 ウィンドウにアクセスします。 必要なフィルターを適用します。注: 一般的なフィルターは “自動統合” フィルターで、1 つ以上の処理パイプラインで正常に実行されたデータセットのみを表示します。グリッドスキャンは現在ISPyBで自動的に処理されていないため、グリッドスキャンは除外されます。 ページを下にスクロールして、目的のデータセットを見つけます。注:各データセットには、サンプルID、使用された実験パラメータ、回折画像ビューア、結晶画像ビューア、およびデータ品質をすばやく観察するための画像ごとの解析プロットが表示されます。 自動処理結果にアクセスするには特定の実験のデータサマリーの下にある[ 自動処理 ]タブをクリックして、自動データ削減の結果を確認します(図6A)。 さまざまなパイプラインに対応するさまざまなタブをクリックすると、各出力の詳細な概要が表示されます。注: サンプル グループが定義されている場合は、マルチプレックス ジョブに対応する 2 つのタブがあります。1 つはその時点までのグループ内のすべてのデータセットのマージに対応し、もう 1 つはそのドロップ内のデータセットのみのマージに対応します。 [Logs & Files] ボタンをクリックして、処理が成功した場合は結果の .mtz ファイルと関連するログ ファイルをダウンロードします。[自動処理]セクションの下にある[ダウンストリーム処理]タブをクリックして、DIMPLEからの出力を表示します。注: DIMPLE は、サンプルの送信時に PDB ファイルが提供された場合にのみ実行されます。 [ Logs & Files ] ボタンをクリックして、DIMPLE から出力された結果をダウンロードします。 グループマルチプレックスの結果にアクセスするには、プロポーザル番号が書かれた画面上部のドロップダウンメニューを開き、[サンプルグループ管理]をクリックします。正しいコンテナ内の目的のグループに対応する行をクリックします。下にスクロールして、プレートの図で視覚的に表されるグループに対応するマルチプレックス出力のリストを見つけます。指定されたリストから 目的のマルチプレックス出力 をクリックします。[ xxx Data Sets ] ボタンをクリックします。xxx はマージされたデータセットの数です (図 6B)。注: これにより [ データ収集] 画面が開きますが、選択したマルチプレックス ジョブのデータセットのみが表示されます。 一番上の実験の [ 自動処理 ] タブをクリックします。 マージされたデータセットの正しい数に対応する [ Multiplex Processing ] タブをクリックします。 [ Logs & Files ] ボタンをクリックして、.mtz と対応するログ ファイルをダウンロードします (手順 3.2.3 を参照)。 グリッド スキャン結果にアクセスするには目的の訪問の [データ収集] 画面に移動します。グリッドスキャンデータの結果は、収集された回転データとともに表示されます。注:自動処理の結果はありません。 結晶滴の画像には、回折の存在を表すヒートマップがグリッドに重ねられます。 正方形 をクリックすると、グリッド内のその位置の回折イメージが表示されます。 クリスタルウェル画像の上部 にあるドロップダウンメニューをクリックして、ヒートマップが表す内容を変更します。既定値は回折の合計 強度 ですが 、合計スポット数、推定解像度、または 氷のないフレームに変更できます。 4. データの再処理 注: 選択したデータセットは、ユーザーが定義した変更された設定で自動的に実行されるのと同じ処理パイプラインを使用して、ISPyB11 インターフェイスを介して再処理できます。解像度のカットオフを適用できます。結晶の対称性/セルがわかっている場合は、これを定義して、処理パイプラインが正しい設定で実行されるようにすることもできます。特定のデータセット間で選択した画像範囲は、利用可能な多結晶パイプラインを使用してマージすることもできます。これは、系統的な放射線損傷により回折像の後半部分の品質が低下する場合に有利になる可能性があります。また、ユーザーが上記のプロトコルを使用してデータセットをダウンロードし、目的の再処理ソフトウェアをローカルで実行することもできますが、そのチュートリアルは他の場所で自由に入手できます(https://dials.github.io/documentation/tutorials/index.html#)。