Dieses Protokoll soll die Lebensfähigkeit von Drosophila in jeder Entwicklungsphase vom Embryo bis zum Erwachsenen bewerten. Die Methode kann verwendet werden, um die Lebensfähigkeit verschiedener Genotypen oder Wachstumsbedingungen zu bestimmen und zu vergleichen.
In Drosophila melanogasterwerden Lebensfähigkeits-Assays verwendet, um die Tauglichkeit bestimmter genetischer Hintergründe zu bestimmen. Allelische Variationen können zu einem teilweisen oder vollständigen Verlust der Lebensfähigkeit in verschiedenen Entwicklungsstadien führen. Unser Labor hat eine Methode entwickelt, um die Lebensfähigkeit in Drosophila vom Embryo bis zum vollreifen Erwachsenen zu bewerten. Die Methode beruht auf der Quantifizierung der Anzahl der Nachkommen, die in verschiedenen Stadien während der Entwicklung vorhanden sind, beginnend mit geschlüpften Embryonen. Nach der Quantifizierung der Embryonen werden weitere Stadien gezählt, darunter L1/L2, Pupae und reife Erwachsene. Nachdem alle Stadien untersucht wurden, wird eine statistische Analyse wie der Chi-Quadrat-Test verwendet, um festzustellen, ob es einen signifikanten Unterschied zwischen der Ausgangszahl der Nachkommen (geschlüpfte Embryonen) und späteren Stadien gibt, die in der beobachteten Anzahl von Erwachsenen gipfeln. ablehnung oder akzeptiert die Nullhypothese (dass die Anzahl der geschlüpften Embryonen der Anzahl der Larven, Pupas und Erwachsenen entspricht, die während der Entwicklungsstadien aufgezeichnet wurden). Der Hauptvorteil dieses Assays ist seine Einfachheit und Genauigkeit, da es keine Embryospülung erfordert, um sie auf die Lebensmitteldurchstechflasche zu übertragen, wodurch Verluste durch technische Fehler vermieden werden. Obwohl das hier beschriebene Protokoll L2/L3-Larven nicht direkt untersucht, können zusätzliche Schritte hinzugefügt werden, um diese zu berücksichtigen. Vergleichen der Anzahl der geschlüpften Embryonen, L1, Pupae, und Erwachsene können helfen, festzustellen, ob die Lebensfähigkeit während der L2/L3-Stadien für weitere Studien beeinträchtigt wurde (die Verwendung von farbigen Lebensmitteln hilft bei der visuellen Identifizierung von Larven). Insgesamt, Diese Methode kann Drosophila Forscher und Pädagogen bestimmen, wann die Lebensfähigkeit während des Fliegenlebenszyklus beeinträchtigt wird. Die routinemäßige Bewertung von Beständen mit diesem Test kann die Anhäufung von sekundären Mutationen verhindern, die den Phänotyp des ursprünglich isolierten Mutanten beeinflussen können, insbesondere wenn die ursprünglichen Mutationen die Fitness beeinträchtigen. Aus diesem Grund unterhält unser Labor mehrere Kopien jedes unserer Dm ime4-Allele und überprüft routinemäßig die Reinheit jedes Bestands mit dieser Methode zusätzlich zu anderen molekularen Analysen.
Die Lebensdauer wird durch genetische und nicht-genetische Faktoren beeinflusst. In Standard-Laborwachstumsbedingungen bei Raumtemperatur hat unser Labor signifikante Variationen von Fitness und Lebensfähigkeit zwischen verschiedenen Dm ime4-Allelen beobachtet, die unter identischen Bedingungen angebaut werden (Abbildung 1 und Zusatzabbildungen). Viability-Studien werden häufig durchgeführt, um die Auswirkungen einer bestimmten Allel-Kombination oder Wachstumszustand in DerpopulationsgenetischeStudien1,2,3,4zu untersuchen. Detaillierte Analysen der Lebensfähigkeit innerhalb einer nicht komplementären Gruppe von Mutationen sind jedoch in der wissenschaftlichen Literatur schwer zu finden. Ein Allel wird in der Regel als “nicht-essentiell” bezeichnet, wenn der Forscher ein paar Individuen homozygot für das Allel in der Lebensmitteldurchstechflasche findet, die den ausgewogenen Vorrat5,6beherbergt. Genaue Chi-Quadrat-Analysen, um zu beurteilen, ob diese Homozygoten bei den erwarteten Mendelian-Verhältnissen entstehen, werden jedoch nicht5,6gemeldet. Die freizügigste Temperatur für jeden Drosophila-Bestand ist die Raumtemperatur (22-23 °C) und bei entsprechenden Nährstoffendauert der Lebenszyklus von Wildfliegen etwa zwölf Tage, um 7,8zu vollenden. Da die Dauer jeder Entwicklungsstufe der Wildtyp-Drosophila7,8bekannt ist, kann die in diesem Bericht beschriebene Methode verwendet werden, um zu untersuchen, ob der untersuchte Drosophila-Stamm in jedem Stadium fit ist. im Vergleich zu einer Kontrolle, die für den getesteten genetischen Hintergrund geeignet ist. Im Gegensatz zu Studien, die sich auf einen spezifischen Aspekt der Entwicklungkonzentrieren 9, bietet dieses Protokoll eine praktische Möglichkeit, die Lebensfähigkeit in verschiedenen Entwicklungsstadien zu bewerten.
In unserem Labor wird dieses Protokoll verwendet, um die Lebensfähigkeit von Beständen zu bewerten, die für Drosophila Induktor von Meiose 4 (Dm ime4) mangelhaft sind. Dm ime4 ist ein essentielles Gen10, das eine RNA-Methyltransferase mit kritischen Rollen im RNA-Stoffwechsel in Drosophila und anderen mehrzelligen Organismen 5,6,10, 11 , 12 , 13 , 14 . Um neuartige Allele von Dm ime4, die über CRISPR/Cas9 (Supplemental Figures) erzeugt wurden, schnell zu bewerten, wurde ein Endpunkt-Lebensfähigkeitstest durchgeführt, der nur erwachsene Nachkommen zählte, die in Durchstechflaschen mit ausgewogenen Beständen erzeugt wurden (Abbildung 1). Einige der verwendeten Bestände wurden in früheren Dm ime4-Berichten 5,6beschrieben. Homozygote Mutanten entstanden auf submendelianischer Ebene, bestimmt durch Chi-Quadrat-Analysen (Abbildung 1 und ergänzende Materialien). Um zu beurteilen, ob diese niedriger als erwarteten Zahlen auf weniger embryosals oder weniger geschlüpfte Embryonen oder den Verlust der Lebensfähigkeit in L1/L2 oder Pupas zurückzuführen sind, haben wir die Verfolgung um Zählungen in jeder dieser Entwicklungsstadien erweitert (Abbildung2, Abbildung 3, Abbildung 4, Abbildung 5, Abbildung 6, Abbildung 7, Abbildung 8und Abbildung 9).
Hier beschreiben wir die Methode mit Wildtyp (OreR) Fliegen. Um diese Methode empirisch für die Verwendung mit anderen genetischen Hintergründen oder Drosophila-Arten zu testen, empfehlen wir die Verwendung von OreR als Referenz und Anpassung der Zeitpunkte an den Versuchsorganismus. Das Protokoll wurde weiter ausgewertet, um die Lebensfähigkeit der Nachkommen zu bewerten, die durch Kreuzung von jungfräulichen Wildtypweibchen mit Männchen aus einem heterozygoten Dm ime4 Mutantenbestand5,6 ( Abbildung4) erzeugt werden.
Zusammenfassend bietet diese Methode eine genaue und einfache Bewertung der Lebensfähigkeit in Drosophila. Das gesamte Protokoll dauert ca. 14 Tage. Das Verfahren erfordert keine fachkundigen Fachkenntnisse; Das richtige Timing, ein Zeitplan für tägliche Beobachtungen und die sorgfältige Agar-Übertragung sind jedoch wichtig für die Genauigkeit und Reproduzierbarkeit.
Neben der Platzierung der Trauben-Agar-Scheibe-Embryoseite in der Futterdurchstechflasche ist ein weiterer entscheidender Schritt im Verfahren die Übertragung der Agarscheibe auf eine Lebensmitteldurchstechflasche spätestens 48 h, nachdem der Trauben-Agar-Teller aus den Minikäfigen der Embryosammlung entfernt wurde. Die Übertragung des Agars nach 48 h führte zu einem Verlust von Embryonen und Larven, wahrscheinlich aufgrund der Dehydrierung der Agarscheibe. Um L2/L3-Übergänge zu zählen, muss die Platte für 72 h inkubiert werden. Wenn diese Phase entscheidend ist, sollten Traubenagarplatten dicker gegossen werden und eine feuchte Kammer muss verwendet werden, um ausweichend zu verhindern. Die Kreuze wurden in Embryo-Sammelkäfigen aufgestellt, die 35-mm-Platten aufnehmen; Dieses Verfahren kann jedoch auch mit größeren Embryo-Entnahmekäfigen durchgeführt werden, z. B. mit 60 mm oder 100 mm Petriplatten. Lebensmittelflaschen müssen dann groß genug sein, um diese Größen unterzubringen.
Es gibt Schritte, die diesem Protokoll hinzugefügt werden können. Wie bereits erwähnt, sind L2/L3-Übergänge aufgrund der benötigten Zeit und der möglichen Austrocknung des Agars schwierig, auf Platten zu quantifizieren. Darüber hinaus werden Larven auf der Oberfläche des Agars hochbeweglich, was eine Herausforderung darstellt, sie genau zu zählen. Das Platzieren der Teller im Kühlschrank für 30 min oder das Hinzufügen von ein paar Tropfen eines milden Anästhetikums (Lidocain-Lösung) auf der Oberfläche des Agars vor dem Zählen von L2/L3-Larven kann helfen, ihre Bewegungen zu verlangsamen, um sie genauer zu zählen. Ein Vorbehalt zu diesen Modifikationen ist, dass sie Variablen einführen können (Kälteempfindlichkeit, Anästhesieempfindlichkeit) und die Rentabilitätsergebnisse verwirren können. Auch ohne diese Schritte können Forscher durch die Verwendung von farbigen Lebensmitteln wandernde L3s/Prepupae quantifizieren, während sie sich auf der Seite der Nahrungsfläschchen niederlassen, um Die Verpuupation zu initiieren. Eine Einschränkung dieser Methode besteht darin, dass die erwachsenen Kinder, die in den Kreuzen verwendet werden, die Anästhesie mit CO2 für Diephänotypisierung überleben müssen, um die Kreuze in den Embryo-Sammelkäfigen einzurichten. Dm ime4 homozygote mutierte Männchen erholen sich nicht gut und sterben ein paar Stunden nach dem Aufwachen von CO2 Behandlung. Andere Methoden zur Immobilisierung von Erwachsenen zum Sortieren können erforscht werden, wie z. B. das Aufstellen von Fläschchen im Kühlschrank für ein paar Minuten und dann das Übertragen von Fläschchen auf zerkleinertes Eis, um die Bewegung zu verlangsamen und schnell und effizient zu sortieren.
Neben dem Vergleich der allelischen Stärken und ihrer Auswirkungen auf die Lebensfähigkeit kann dieses Verfahren verwendet werden, um die Empfindlichkeit oder Resistenz gegenüber definierten pharmazeutischen Verbindungen abzuschirmen. Im Gegensatz zu anderen Methoden, die die toxizitätscompound in der Zellkultur15,16,17,18, screenen, verwendet diese Methode ganze Organismen, was die Bewertung von Entwicklungseffekten leichter zu analysieren macht. Zusammenfassend lässt sich die Verwendung dieses Protokolls und der darin enthaltenen Änderungen die Allylstärken sowie die Auswirkungen von Umweltfaktoren und chemischen Verbindungen auf die Drosophila-Lebensfähigkeit, Fruchtbarkeit, Fruchtbarkeit, Lebensdauer und Dauer der Entwicklungszyklus.
The authors have nothing to disclose.
Unsere Arbeit wird von NIH 1R15GM1131-01 an CFH und NIH PA -12-149 TO CFH finanziert.
Antimold additive | Carolina | ||
Beaker | Fisher Scentific | S76100J | Beaker |
Benchmark scientific digital hotplate | The Lab Depot | H3760H | Hot plate |
Britta-filtered tap water to prepare grape agar and instant fly food | Any tap water filtration system | ||
CO2 pistol or FlyNap | Carolina | Anesthetic to sort/count adult flies | |
Dissecting microscope/stereoscope | Amscope | SM-1TSZ-V203 | Dissecting microscope |
Drosophila culture vials and stoppers | Carolina | 173120 | Food vials for growing Drosophila |
Embryo collection mini cage | Genesee Scientific | 59-105 | chamber used to gather embryos |
Erlenmeyer flask | Sigma-Aldrich | 70980 | Erlenmeyer flask |
Formula 4-24 Instant Drosophila Medium, Blue | Carolina | https://www.carolina.com/drosophila-fruit-fly-genetics/formula-4-24-drosophila-medium-blue/FAM_173210.pr | |
Grape agar | Genesee Scientific | 47-102 | Media used for agar plates |
Instant fly flood | Carolina | 173210 | Blue media for food vials |
Large Petri dish or any clear container to be used as a humid chamber by placing wet paper towels to keep the grape-agar plates moist during incubation/pre and post microscopic observation | |||
Metal spatula (small) | Carolina | ||
Microwave | Any | To cook grape agar | |
Petri dish | Kord-Valmark | 2901 | Petri dish for grape agar |
Stir bar | The Lab Depot | 58948-981-EA | Magnetic stir bar |