Данио рерио (Danio рерио) становятся широко используется позвоночных животных модель микробная колонизация и патогенеза. Этот протокол описывает использование простейших Парамеции туфелька в качестве инструмента для пищевого инфекции данио рерио личинки. P. туфелька легко усваивает бактерий и получить принятые личиночной данио рерио через естественное поведение хищными.
За счет их прозрачности, отслеживаемости генетических и простота обслуживания данио рерио (Danio рерио) стали широко использоваться позвоночных моделью для инфекционных заболеваний. Личинок данио рерио естественно добычу на одноклеточных простейших Парамеции туфелька. Этот протокол описывает использование P. туфелька в качестве инструмента для пищевого заражения в личиночной данио рерио. P. туфелька интернализировать широкий спектр бактерий и бактериальной клетки остаются жизнеспособными на несколько часов. Данио рерио затем охотятся на P. туфелька, бактериальной нагрузки выпущен в Передняя кишка после переваривания Парамеции транспортного средства, и бактерии колонизации кишечного тракта. Протокол включает в себя подробное описание paramecia обслуживания, Загрузка с бактериями, определение бактериальной деградации и дозы, а также инфекции данио рерио кормления с paramecia. Преимущество использования этого метода пищевого заражения является что тесно имитирует режим инфекции наблюдаются в болезни человека, приводит к более надежной колонизации, по сравнению с погружения протоколов и позволяет изучение широкого спектра возбудителей. Пищевого заражения в zebrafish модель может использоваться для изучения экспрессии генов бактерий внутри хоста, хост возбудитель взаимодействия и клейма патогенности, включая бактериальные бремя, локализации, распространения и заболеваемости.
Данио рерио доля морфологически и функционально сохранены функции с млекопитающих, в том числе гранулоцитарного линий (например, нейтрофилов), моноцитов/макрофагов как клетки, Толл подобные рецепторы, провоспалительных цитокинов и противомикробные пептиды1 . Кишечного тракта в zebrafish полностью разработана в 6 дней поста оплодотворение (dpf) и показывает морфологических и функциональных сохранения с млекопитающих желудочно-кишечного тракта, например сохранены регуляцию в эпителиальных клетках кишечника 2. это делает данио рерио отличную модель для кишечного микробного колонизации и патогенеза. Широкий спектр кишечными микробами была изучена в zebrafish модели, включая энтерогеморрагические Escherichia coli3, холерный вибрион4,5, Salmonella enterica6, Данио рерио микробиоты7,8и роль пробиотиков кишечного иммунитета9. Явное преимущество в zebrafish модель является, что он является колонизировали многие микробы не нарушая эндогенного микрофлору, которая позволяет расследования микробной поведения в контексте смешанных микробных популяций3, 6. в настоящее время, большинство моделей данио рерио желудочно-кишечного тракта колонизации и болезней полагаются на администрации микробов путем погружения Ванна, где данио рерио инкубируют в бактериальных подвеска на определенное время10. Однако это делает его трудно определить точную дозу бактерий осуществляется и приводит к ограниченным колонизации с некоторых микробов, особенно с непатогенные бактерии. Кроме того бактериальный подвеска администрируется рыбы через пероральная затравка11, но это технически сложной и ограничивается старшего возраста личинок и взрослых рыб.
Этот протокол описывает использование одноклеточных простейших Парамеции туфелька в качестве транспортного средства для доставки пищевых микробов желудочно-кишечного тракта у рыбок данио личинок. Paramecia легко и дешево поддерживать и способны кормления на широкий спектр микробов, в том числе водорослей, грибков и бактерий, которые они усвоить через мерцательного устные паз12,,1314. После интернализации, бактерии проводятся в вакуолей, который в конечном итоге подкислять и содержание деградировавших течение времени нескольких часов15. Личинок данио рерио захватить paramecia в качестве естественной добычей вскоре после вылупления, около dpf 3 – 4, в зависимости от температуры16и принимать их с высокой эффективностью. Процесс захвата добычи занимает в среднем 1,2 s от обнаружения захватить17, и захватили paramecia быстро перевариваются в zebrafish Передняя кишка, таким образом, что внутреннюю жизнеспособные бактерии попадают в желудочно-кишечном тракте3. В результате paramecia может использоваться как быстрый и простой метод для доставки высокого и последовательного дозу бактерий в желудочно-кишечного тракта у рыбок данио. Поставленный бактерии могут быть преобразованы либо выразить флуоресцентного белка, такие как mCherry, как описано здесь, или, в случае генетически неразрешимыми бактерии, они могут быть предварительно окрашенные с Люминесцентную краску, чтобы позволить визуализации в рамках желудочно-кишечного тракта.
Этот протокол описывает пищевого доставки энтеропатогенные E. coli (энтерогеморрагические E. coli [ЭГКП] и сторонником инвазивной кишечной палочки [AIEC]) и Salmonella enterica ssp. Typhimurium. Патогенной кишечной палочки и S. typhimurium передаваемых через фекально оральным механизмом передачи18,19и может быть приобретенных через загрязненные продукты питания, таких как мясо, овощи и молочные продукты. С помощью P. туфелька как транспортное средство, E. coli и S. typhimurium успешно колонизировать данио рерио личинок в течение 30 – 60 минут совместного инкубации с Парамеции транспортного средства. Достигнутые бактериальных бремя является достаточно прочным, чтобы визуализировать колонизации и определить бремя покрытия гомогенатах ткани.
Основной протокол, описанные здесь был оптимизирован для патогенных кишечной палочкии был успешно адаптирован для других бактериальных видов, включая Salmonella enterica и Vibrio cholerae. Для некоторых видов, которые не заселять кишечник данио рерио, после погружения Ванна, включая некоторые штаммы Salmonella enterica и некоторых анаэробов пищевого заражения как описано здесь может использоваться для успешного создания колонизации. По сравнению с microgavage, который также используется для создания высокой бактериальной бремя в личиночной кишечного тракта, пищевого заражения является технически менее сложной и требует менее специализированного оборудования. Однако критические параметры должны быть оптимизированы для бактериальных видов и штаммов, которые будут использоваться. Такие факторы включают плотности бактериальных и Парамеции для этапа совместного культуры бактерий Парамеции: если бактериальная чисел в пределах paramecia являются низкими, это может быть улучшено путем увеличения бактериальной плотности на шаге Сопредседатель культуры. Некоторые виды бактерий может привести к повреждению Парамеции хост, и это должно оцениваться по микроскопии.
Еще одним важным фактором в этот протокол является захват хищных рыбок данио. Хищными ставка как описано здесь основан на предположении, что каждый захват добычу забастовку результаты в пищу один Парамеции. Высокая плотность paramecia за рыба используются в протоколе для обеспечения высоких хищными. Однако захвата добычи зависит от плотности paramecia в системе, и в очень разбавленных Парамеции культур, хищными тарифы могут быть как низко как paramecia 13 – 15 за час21,22. Ограничение заключается в том, что жертвами захвата ставки также сильно зависит от условий освещения и в темноте, захват ставки 80% ниже, чем в условиях освещенности21 и это должно приниматься во внимание при настройке экспериментов. Если воздействия раз жертвой должны быть расширен для оптимизации колонизации, рассмотрение должно отдаваться вторичного воздействия бактерий через фекалии. В условиях, описанных выше – 2 h добычу воздействия – это воздействие является незначительным, поскольку время прохода кишки бактерий является более чем 1 час и концентрация бактерий в транспортное средство намного выше, чем в фекалиях. Однако если время экспозиции добычу значительно увеличивается, это может стать существенным фактором.
Соответствующие элементы должны быть включены в этот протокол, включая колонизации данио рерио после кормления с paramecia, содержащие непатогенные E. coli MG1655. Если несколько бактериальных штаммов сравниваются для их способность колонизировать узел данио рерио, важно проверить ли их полураспада в пределах paramecia сопоставимы. Бактериальные мутации, в том числе ущерба целостности клеточной стенки или кислоты зондирования, может скомпрометировать бактериальных стабильности в paramecia. В таких случаях данио рерио кормления должен корректироваться для учета различий в дозировке.
Протокол, описанные здесь может использоваться для изучения бактериальной колонизации и его последствий, в том числе изображений бактериальной колонизации данио рерио, как описано выше, а также определения кое за данио рерио из ткани огневки3, или расследования, связанные с инфекцией заболеваемости и смертности. В идеале для бактериальных визуализации, должны использоваться бактериальных штаммов, выражая флуоресцентных белков, таких как mCherry или красный флуоресцирующий белок (ППП). Это позволит визуализации растущего бактериальных популяций. Если бактериальный штамм не генетически шансов справиться с возникающими или по другим причинам, исключается использование флуоресцентных белков, бактерии могут быть запятнано с Люминесцентную краску, такие как FM 4-64FX, до их культуры совместно с paramecia. При использовании протокола описаны здесь, Сопредседатель культуры с paramecia не уменьшить яркость краски и окрашенных бактерии в кишечнике данио рерио хорошо видны. Однако краска будет разбавлен со временем произойдет значительное распространение бактериальной в узле данио рерио. В любом случае красный люминесцентные бактерии являются предпочтительнее над Грин люминесцентные бактерий, поскольку аутофлюоресценция ткани может быть выше в зеленом чем красного канала.
Было установлено, что этот протокол может быть адаптирован для аэробных и микроаэрофильных бактерий видов. Это может быть возможным адаптировать его для кормления споры и грибковых видов, хотя это по-прежнему быть проверены экспериментально.
The authors have nothing to disclose.
Мы хотели бы поблагодарить членов группы Krachler для критических чтении и комментариев на рукопись. Эта работа финансировалась на UT систем STAR award, СИББН и низ (R01AI132354).
Paramecium caudatum, live | Carolina | 131554 | no not store growing cultures below room temperature |
0.4% Trypan Blue Solution | Sigma | T8154-20ML | liquid, sterile-filtered, suitable for cell culture; prepared in 0.81% sodium chloride and 0.06% potassium phosphate, dibasic |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | 276855-100ML | store in a solvent safety cabinet |
Escherichia coli, MG1655 | ATCC | ATCC 700926 | can be replaced by any other non-pathogenic E. coli strain |
FM 4-64FX stain | Thermo Fisher | F34653 | aliquot and store frozen |
Formaldehyde | Sigma | F8775-4X25ML | |
LB Broth | Sigma | L3397-1KG | |
Phosphate buffered saline tablets | Thermo Fisher | 18912014 | |
Tetracycline | Sigma | 87128-25G | toxic, irritant |
Tricaine (Ethyl 3-aminobenzoate methanesulfonate) | Sigma | E10521-10G | |
Triton X-100 | Sigma | X100-100ML | |
Trypan Blue Solution, 0.4% | Sigma | 93595-50ML | |
UltraPure Low Melting Point Agarose | Thermo Fisher | 16520050 | |
hemocytometer or cell counter | any | ||
stereomicroscope | any | ||
table-top centrifuge | |||
microwave | |||
rotator wheel | |||
heated shaking incubator | |||
aquatics facilities | |||
breeding tanks |