Summary

قياسات الحويصلية واحد للدراسة لضخ البروتون غشاء الإنزيمات تستخدم كهربية ومجهر فلوري

Published: February 21, 2019
doi:

Summary

هنا، نحن نقدم بروتوكولا لدراسة الآلية الجزيئية لبروتون إزفاء عبر الأغشية الدهنية الدهنية واحد، استخدام الفسفرة بو3 كمثال. يمكن الكشف عن الجمع بين كهربية والفحص المجهري الأسفار، تغييرات درجة الحموضة في التجويف حويصلات وحيد، والتي تحتوي على واحد أو إنزيم متعددة، وتحليلها على حدة.

Abstract

ضخ البروتون الإنزيمات من إلكترون نقل سلاسل تفاعلات الأكسدة والاختزال الزوجان إلى إزفاء بروتون عبر الغشاء، إنشاء قوة الدافع البروتون المستخدمة لإنتاج ATP. الطابع amphiphilic للبروتينات الغشاء يتطلب إيلاء اهتمام خاص للمعالجة وإعادة تشكيل في البيئة الطبيعية في الدهون أمر لا غنى عنه عند دراسة عمليات النقل الغشاء مثل إزفاء بروتون. هنا، نحن بالتفصيل أسلوب الذي تم استخدامه لتحقيق إليه ضخ البروتون غشاء إنزيمات الأكسدة والاختزال، أخذ الفسفرة بو3 من الإشريكيّة القولونية كمثال. هو استخدام مزيج من الفحص المجهري كهربية والأسفار للتحكم في حالة الأكسدة كينون تجمع ورصد التغيرات درجة الحموضة في التجويف. مئات الدهنية بسبب القرار المكانية للفحص المجهري نيون، يمكن أن يقاس في وقت واحد بينما يمكن تقليص محتوى إنزيم إنزيم واحد أو الناقل الواحد الحويصلية. تحليل إنزيم واحد منها يمكن أن تكشف عن أنماط في ديناميات إنزيم الوظيفية التي قد تكون مخفية وإلا بسلوك السكان ككل. نقوم بتضمين وصف نصي لتحليل الصورة الآلي.

Introduction

يتم عادة الحصول على معلومات حول آليات الإنزيم وحركية على مستوى الفرقة أو ماكروسكالي مع السكان الإنزيم بالآلاف إلى ملايين جزيئات، التي تمثل فيها القياسات متوسط الإحصائي. ومن المعروف، بيد أن الجزيئات المعقدة مثل الإنزيمات قد تثبت عدم التجانس في سلوكهم والآليات الجزيئية التي لوحظ على مستوى فرقة ليست بالضرورة صالحة لكل جزيء. قد تأكدت هذه الانحرافات بمقياس جزيء الفردية على نطاق واسع بدراسات للإنزيمات واحد مع مجموعة متنوعة من أساليب الناشئة خلال العقدين الماضيين الماضي1. جدير بالذكر أن الأسفار الكشف عن نشاط إنزيم الفردية قد استخدمت للتحقيق في عدم تجانس الإنزيمات النشاط2،3 أو اكتشاف تأثير ما يسمى الذاكرة (فترات من نشاط الإنزيمات عالية نجح خلال فترات انخفاض النشاط و العكس)4،5.

تتطلب العديد من الدراسات إنزيم واحد أن الإنزيمات هي معطلة على السطح أو ثابت مكانياً في طريقة أخرى للبقاء طويلاً بما فيه الكفاية في مجال الرؤية للمراقبة المستمرة. لقد ثبت تغليف الإنزيم في الدهنية لتمكين التثبيت الإنزيم مع منع أي تأثير سلبي الواجب السطح-إنزيم أو بروتين-بروتين تفاعلات6،7. وبالإضافة إلى ذلك، نقدم الدهنية إمكانية فريدة لدراسة البروتينات غشاء مفرد في بهم الدهن الطبيعية البيئة bilayer8،،من910.

فئة من بروتينات الغشاء، الناقلين، يمارس إزفاء اتجاهي للمواد عبر غشاء الخلية، سلوك الذي يمكن دراستها إلا عندما يتم تشكيل البروتينات في دهن بليرس (مثلاً، الدهنية)11، ،من 1213. على سبيل المثال، إزفاء بروتون، تعرض بواسطة إنزيمات عدة سلاسل النقل الإلكترون بدائية وحقيقية النواة، دوراً هاما في التنفس الخلوي إنشاء قوة الدافع البروتون المستخدمة لتركيب ATP. وفي هذه الحالة، يقترن البروتون ضخ نشاط لنقل الإلكترون، على الرغم من أن إليه مفصلة لهذه العملية غالباً ما زال بعيد المنال.

في الآونة الأخيرة، أثبتنا إمكانية الكشف الفلورسنت زوجين مع كهربية لدراسة بروتون ضخ نشاط الإنزيمات واحد من أوكسيديز أوبيكوينول المحطة الطرفية من الإشريكيّة القولونية (الفسفرة بو3) أعيد تشكيلها في الدهنية14. وقد تحقق ذلك بتغليف صبغة الفلورسنت غشاء كتيمة حساسة لدرجة الحموضة في التجويف الدهنية أعدت من هاء القولونية القطبية الدهون (الشكل 1A). وكان الأمثل كمية البروتين حيث أن معظم الدهنية الواردة أما جزيء الإنزيم المعاد تشكيلها لا أو واحد فقط (حسب توزيع Poisson). وقدمت ركائز اثنين من الفسفرة بو3 بإضافة أوبيكوينوني إلى المزيج المادة الدهنية التي تشكلت في الدهنية والأكسجين (المحيط) في حل. ثم هي تمتز الدهنية قليلة على مسرى الذهب فائقة على نحو سلس شبه شفافة، مغطاة تجميعها ذاتيا أحادي الطبقة من 6-ميركابتوهيكسانول. وأخيراً، شنت مسرى على الجزء السفلي من الخلية سبيكترويليكتروكهيميكال بسيطة (الشكل 1B). يسمح التحكم الكهروكيميائية الدولة الأكسدة تجمع كينون أحد مرونة تحريك أو إيقاف التفاعل الأنزيمي في أي لحظة، بينما يستخدم لرصد تغيرات درجة الحموضة داخل التجويف الدهنية نتيجة إزفاء بروتون بصبغة حساسة لدرجة الحموضة الإنزيمات. قبل استخدام يمكن تحديد كثافة fluorescence صبغة الفلورسنت وثانيا، ربط دهني، حجم وحجم الدهنية الفردية وبالتالي التحديد الكمي للبروتون الإنزيم ضخ النشاط. باستخدام هذا الأسلوب، وجدنا لا سيما أن الفسفرة بو3 جزيئات قادرون على الدخول في حالة تسرب عفوية سرعة تبدد القوة الدافعة بروتون. والهدف من هذه المادة إدخال تقنية القياسات الحويصلية واحد بالتفصيل.

Protocol

1-إعداد مزيج دهني/UQ-10/فضل ملاحظة: يجب أن تكون هاء القولونية الدهون المستخدمة لإعداد الدهنية الكوتيد ودقة مختلطة مع أوبيكوينوني-10 (إنزيم الركازة) والطول الموجي الطويل الفلورسنت المسمى صبغ الدهون (لتحديد حجم الدهنية) قبل إعادة تشكيل. استخدام المحاقن زجاجية، است…

Representative Results

يتم التحقق من نوعية بكشف غطاء الذهب تعديل (مسرى) مع سام 6MH قبل كل تجربة مع التحليل الطيفي المعاوقة الكهروكيميائية. ويبين الشكل 2 ألف الممثل كول-كول المؤامرات يتم قياسها باستخدام التحليل الطيفي المعاوقة الكهروكيميائية قبل وبعد هي تمتز الدهنية. إذا كانت نوع?…

Discussion

الطريقة الموصوفة هي مناسبة لدراسة بروتون ضخ بروتينات الغشاء الرئوي التي يمكن أن يعاد تشكيلها في الدهنية وقادرون على تبادل الإلكترونات مع تجمع كينون. يمكن رصد بروتون ضخ النشاط على مستوى إنزيم واحد استخدام الأصباغ حساسة لدرجة الحموضة (راتيوميتريك) مغلفة في التجويف الحويصلية (ال…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

يعترف الكتاب BBSRC (BB/P005454/1) للدعم المالي. NH مولت “البرنامج محقق الشباب مؤسسة فيلوم”.

Materials

6-Mercapto-1-hexanol (6MH) Sigma 451088 97%
8-hydroxypyrene-1,3,6-trisulphonic acid (HPTS) BioChemika 56360
Aluminium holder (Electrochemical cell) Custom-made 30x30x7 mm; inner diameter: 26 mm; hole diameter: 15 mm
Auxiliary electrode platinum wire
Chloroform VWR Chemicals 83627
E.coli polar lipids Avanti 100600C 25 mg/mL in chloroform
Epoxy EPO-TEK 301-2FL low fluorescence epoxy
Fiji (ImageJ 1.52d) Required plugins: StackReg and TurboReg (http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/)
Filter cube ("ATTO633") Chroma Technology Corporation Ex: 620/60 nm; DM: 660 nm; Em: 700/75 nm
Filter cube ("HPTS1") Chroma Technology Corporation Ex: 470/20 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm
Filter cube ("HPTS2") Chroma Technology Corporation Ex: 410/300 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm
Filter cube ("Texas Red") Chroma Technology Corporation Ex: 560/55 nm; DM: 595 nm; Em: 645/75 nm
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) ThermoFisher Scientific T1395MP TexasRed-DHPC was used in this work (λexc 595 nm; λem 615 nm)
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) (alternative) ATTO-TEC AD 633-161 ATTO633-DOPE can be used as alternative (λexc 630 nm; λem 651 nm)
Gel filtration column GE Healthcare 28-9893-33 HiLoad 16/600 Superdex 75 pg, for additional protein purification
Glass coverslips VWR International 631-0172 No 1.5
Glass syringe Hamilton 1725 RNR 250 µL
Glass vials Scientific Glass Laboratories Ltd T101/V1 1.75 mL capacity
Gold GoodFellow 99.99%
Gramacidin Sigma G5002
Mercury sulfate reference electrode Radiometer (Hash) E21M012
Microcentrifuge Eppendorf Minispin NL040
Microscope Nikon Eclipse Ti
Microscope Camera Andor Zyla 5.5 sCMOS
Microscope Lamp Nikon Intensilight C-HGFI
NIS-Elements AR 5.0.2 Nikon Microscope acquisition software
n-Octyl β-D-glucopyranoside Melford Laboratories B2007
Nova 1.10 Metrohm Potentiostat control software
Objective Nikon Plan Apo λ 60x/1.4 oil
OriginPro 2017 OriginLab Plotting software
O-ring (Electrochemical cell) Orinoko Inner diameter: 16 mm; cross section: 1.5 mm
Plastic tubes Eppendorf 3810X 1.5 mL
Polystyrene microbeads Bio-RAD 152-3920 Biobeads, 20-50 mesh
Potentiostat Metrohm Autolab PGSTAT 128N
Potentiostat CH Instruments CHI604C
Scripting software Matlab R2017a Required toolboxes: 'Image Processing Toolbox', 'Parallel Computing Toolbox', 'Curve Fitting Toolbox', 'System Identification Toolbox', 'Optimization Toolbox'
Silicon wafers IDB Technologies LTD Si-C2 (N<100>P) Ø 25 mm, 525 um thick
Teflon cell (Electrochemical cell) Custom-made Outer diameter: 26 mm; inner diameter: 13.5 mm
Temple-Stripped Ultra-Flat Gold Surfaces Platypus Technologies AU.1000.SWTSG Alternative ready-to-use ultra-flat gold surfaces (Thickness below 100 nm on demand)
Thin micropipette tips Sarstedt 70.1190.100 or similar gelloader tips 200 µL
Ubiquinone-10 Sigma C-9538
Ultracentrifuge Beckman-Coulter L-80XP with Ti 45 rotor
Ultrasonic bath Fisher Scientific FB15063

References

  1. Claessen, V. I., et al. Single-Biomolecule Kinetics: The Art of Studying a Single Enzyme. Annual Review of Analytical Chemistry. 3 (1), 319-340 (2010).
  2. Rojek, M. J., Walt, D. R. Observing Single Enzyme Molecules Interconvert between Activity States upon Heating. PLoS ONE. 9 (1), e86224 (2014).
  3. Velonia, K., et al. Single-Enzyme Kinetics of CALB-Catalyzed Hydrolysis. Angewandte Chemie International Edition. 44 (4), 560-564 (2005).
  4. Lu, H. P., Xun, L., Xie, X. S. . Single-molecule enzymatic dynamics. 282 (5395), 1877-1882 (1998).
  5. Engelkamp, H., Hatzakis, N. S., Hofkens, J., De Schryver, F. C., Nolte, R. J. M., Rowan, A. E. Do enzymes sleep and work?. Chemical Communications. 9 (9), 935-940 (2006).
  6. Boukobza, E., Sonnenfeld, A., Haran, G. Immobilization in Surface-Tethered Lipid Vesicles as a New Tool for Single Biomolecule Spectroscopy. The Journal of Physical Chemistry B. 105 (48), 12165-12170 (2001).
  7. Hsin, T. -. M., Yeung, E. S. Single-Molecule Reactions in Liposomes. Angewandte Chemie International Edition. 46 (42), 8032-8035 (2007).
  8. García-Sáez, A. J., Schwille, P. Single molecule techniques for the study of membrane proteins. Applied Microbiology and Biotechnology. 76 (2), 257-266 (2007).
  9. Onoue, Y., et al. A giant liposome for single-molecule observation of conformational changes in membrane proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Biomembranes. 1788 (6), 1332-1340 (2009).
  10. Jefferson, R. E., Min, D., Corin, K., Wang, J. Y., Bowie, J. U. Applications of Single-Molecule Methods to Membrane Protein Folding Studies. Journal of Molecular Biology. 430 (4), 424-437 (2018).
  11. Rigaud, J. L., Pitard, B., Levy, D. Reconstitution of membrane proteins into liposomes: application to energy-transducing membrane proteins. BBA – Bioenergetics. 1231 (3), 223-246 (1995).
  12. Jesorka, A., Orwar, O. Liposomes: Technologies and Analytical Applications. Annual Review of Analytical Chemistry. 1 (1), 801-832 (2008).
  13. Seddon, A. M., Curnow, P., Booth, P. J. Membrane proteins, lipids and detergents: Not just a soap opera. Biochimica et Biophysica Acta – Biomembranes. 1666 (1-2), 105-117 (2004).
  14. Li, M., et al. Single Enzyme Experiments Reveal a Long-Lifetime Proton Leak State in a Heme-Copper Oxidase. Journal of the American Chemical Society. 137 (51), 16055-16063 (2015).
  15. Rumbley, J. N., Furlong Nickels, E., Gennis, R. B. One-step purification of histidine-tagged cytochrome bo3 from Escherichia coli and demonstration that associated quinone is not required for the structural integrity of the oxidase. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Protein Structure and Molecular Enzymology. 1340 (1), 131-142 (1997).
  16. Jeuken, L. J. C., et al. Phase separation in mixed self-assembled monolayers and its effect on biomimetic membranes. Sensors and Actuators, B: Chemical. 124 (2), 501-509 (2007).
  17. Barsoukov, E., Macdonald, J. R. . Impedance Spectroscopy Theory, Experiment, and Applications. , (2005).
  18. Jeuken, L. J. C., Connell, S. D., Henderson, P. J. F., Gennis, R. B., Evans, S. D., Bushby, R. J. Redox Enzymes in Tethered Membranes. Journal of the American Chemical Society. 128 (5), 1711-1716 (2006).
  19. Compton, R. G., Banks, C. E. Chapter 4. Understanding voltammetry. , (2018).
  20. Girault, H. H. Chapter 10. Analytical and Physical Electrochemistry. , (2004).
  21. Mazurenko, I., Jeuken, L. J. C. . Timelapse (movie) of single vesicles fluorescence change upon potential application. , (2018).
  22. Li, M., Khan, S., Rong, H., Tuma, R., Hatzakis, N. S., Jeuken, L. J. C. Effects of membrane curvature and pH on proton pumping activity of single cytochrome bo3enzymes. Biochimica et Biophysica Acta – Bioenergetics. 1858 (9), 763-770 (2017).
  23. Li, M., Tuma, R., Jeuken, L. J. C. . MATLAB code for the analysis of proton transport activity in single liposomes. , (2017).
  24. Li, M., Tuma, R., Jeuken, L. J. C. . Time-resolved fluorescence microscopic data (traces) of individual lipid vesicles with proton transport activity. , (2017).
  25. Paula, S., Volkov, A. G., Van Hoek, A. N., Haines, T. H., Deamer, D. W. Permeation of protons, potassium ions, and small polar molecules through phospholipid bilayers as a function of membrane thickness. Biophysical Journal. 70 (1), 339-348 (1996).
  26. Brookes, P. S., Hulbert, A. J., Brand, M. D. The proton permeability of liposomes made from mitochondria) inner membrane phospholipids: No effect of fatty acid composition. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Biomembranes. 1330 (2), 157-164 (1997).
  27. Eriksson, E. K., Agmo Hernández, V., Edwards, K. Effect of ubiquinone-10 on the stability of biomimetic membranes of relevance for the inner mitochondrial membrane. Biochimica et Biophysica Acta – Biomembranes. 1860 (5), 1205-1215 (2018).
  28. Seneviratne, R., et al. A reconstitution method for integral membrane proteins in hybrid lipid-polymer vesicles for enhanced functional durability. Methods. , 1-8 (2018).
  29. Veshaguri, S., et al. Direct observation of proton pumping by a eukaryote P-type ATPase. Science. 351 (6280), 1-6 (2016).

Play Video

Cite This Article
Mazurenko, I., Hatzakis, N. S., Jeuken, L. J. Single Liposome Measurements for the Study of Proton-Pumping Membrane Enzymes Using Electrochemistry and Fluorescent Microscopy. J. Vis. Exp. (144), e58896, doi:10.3791/58896 (2019).

View Video