이 문서에서는, 우리는 다이아몬드 나 방 (이용한 배 xylostella)에서 ryanodine 수용 체의 N 맨끝 도메인의 단백질 식, 정화, 결정 화 및 구조 결정의 프로토콜 설명합니다.
곤충 ryanodine 수용 체 (RyRs)를 대상으로 하는 강력 하 고 효율적인 살충제의 개발 농업 해충의 영역에 큰 관심의 되었습니다. 까지, 몇몇 diamide 살충제 RyRs 상용화 되었습니다 해충을 대상으로는 2 십억 미국 달러의 연간 수익을 생성 합니다. 그러나 RyR 타겟팅 살충제의 행동의 모드의 이해 구조 정보 곤충 RyR의 부족에 의해 제한 된다. 이 차례로 해충에 살충제 저항 개발의 이해를 제한합니다. 다이아몬드 나 방 (DBM) diamide 살충제에 저항을 표시를 보고도 전세계, 십자화과 작물 파괴 엄청난 해충 이다. 그러므로, DBM RyR, 특히 전통적인 diamide 바인딩 사이트에서 다른 영역을 대상으로 타겟팅 새로운 살충제를 개발 하는 실용적인 중요성의 이다. 여기, 선물이 구조적 특성 DBM에서 RyR의 N 맨끝 도메인 프로토콜. X 선 결정 구조 분자 교체는 해상도에 의해 해결 되었다 Å는 2.84의 베타-개미 자리의 접는 모티브와 측면에 서 알파 나선 보여줍니다. 이 프로토콜은 일반적으로 식, 정화와 다른 도메인 또는 단백질의 구조적 특성에 대 한 적응 될 수 있다.
Ryanodine 수용 체 (RyRs)은 근육 세포에 sarcoplasmic 그물 (SR) 세포 막에 걸쳐 캘리포니아2 + 이온의 투과 중재 하는 특정 이온 채널입니다. 따라서, 그들은 흥분 수축 연결 과정에서에서 중요 한 역할을 재생 합니다. 기능 형태의 RyR의 분자 질량을 가진 호모 tetramer로 조립 > ~ 5000 아미노산 잔류물의 구성 하는 각 소 단위와 2 MDa. 포유류에서 3 개의 isoforms는: RyR1 골격 근육 형, RyR2-심장 근육 유형 및 RyR3-다른 조직1편 표현.
곤충에는 근육과 신경 조직2에서 표현 RyR의 한 유형이 있다.입니다. 곤충 RyR 비슷합니다 더 약 47%의 시퀀스 id 가진 포유류 RyR23. 타겟팅 RyR의 나비목과 딱정벌레목 Diamide 살충제를 개발 하 고 바이엘 (flubendiamide), 듀 폰 (chlorantraniliprole) 및 Syngenta (cyantraniliprole) 같은 주요 기업에 의해 판매 되었습니다. 비교적 최근 출시 이후, diamide 살충제 살충제의 급성장 클래스 중 하나가 되고있다. 현재, 매년 이러한 세 가지 살충제의 판매는 2009 (Agranova) 이후 50% 이상의 성장 율을 가진 2 십억 미국 달러를 넘어 있다.
최근 연구 결과 이러한 살충제4,,56,,78의 사용의 몇 세대 후에 곤충 저항 개발을 보고 있다. 저항 막 횡단 영역에서의 변이 RyRs 다이아몬드 나 방 (DBM), 이용한 배 xylostella (G4946E, I4790M)와 토마토 leafminer에 해당 위치에서 Tuta absoluta (G4903E, I4746M) 표시 하는 지역 로이 지역 채널4,,89의 게이팅에 대 한 중요 한 것으로 알려져 있다 diamide 살충제 바인딩에 참여 수 있습니다. 이 지역에 광범위 한 연구에도 불구 하 고 diamide 살충제의 정확한 분자 메커니즘 애매 남아 있습니다. 또한, 그것은 하지 분명 여부 저항 돌연변이 영향을 diamides와의 상호 작용 또는 allosterically입니다.
포유류 종에서 여러 RyR 도메인의 구조와 전장 포유류 RyR1 및 RyR2의 구조 엑스레이 결정학 그리고 cryo 전자 현미경 검사 법, 각각10,11에 의해 이전 연구 보고가 12,13,14,15,,1617,18,19,20,21 . 하지만 지금까지, 아니 구조 곤충 RyR의 보고 되었습니다,이 이해는 분자의 복잡 한 수용 체 기능 뿐만 아니라 살충제 행동의 분자 메커니즘 및 살충제 저항의 개발에서 우리를 금지.
이 원고에서 선물이 다이아몬드 나 방, 파괴적인 해충 감염 십자화과 작물 전세계22에서 ryanodine 수용 체의 N 맨끝 β-개미 자리의 도메인의 구조적 특성에 대 한 일반화 된 프로토콜. 게시 된 토끼 RyR1 NTD 크리스탈 구조23,24및 곳을 알아내는-그들 구조 모델16,17,,1819, 는 구조 설계 되었다 20 , 21. 이것은 최초의 고해상도 구조 곤충 RyR 채널 게이팅 메커니즘을 밝혀 고 구조 기반 약물 설계를 사용 하 여 종의 살충제의 개발에 대 한 중요 한 서식 파일을 제공 합니다에 대 한 보고. 구조 설명, 우리 사용 엑스레이 결정학, 원자 해상도 근처에서 단백질 구조 결심을 위한 ‘ 골드 표준 ‘으로 간주 됩니다. 결정 화 과정은 예측할 수 없는 노동 집약, 비록이 단계별 프로토콜 표현, 정화 및 곤충 RyR 또는 다른 단백질의 다른 도메인의 일반적 특성 연구를 도울 것 이다.
이 문서에서 우리는 recombinantly 익스프레스, 정화, 구체화 및 DBM RyR NTD의 구조를 결정 하는 절차를 설명 합니다. 결정 화에 대 한 중요 한 요구 사항이 높은 용 해도, 순도와 균질 단백질을 얻을 것입니다. 우리의 프로토콜에서 우리는 hexahistidine 태그와 MBP, 둘 다 더 높은 배 순도를 정화에 대 한 활용 될 수 포함 되어 애완 동물-28a-HMT 벡터를 사용 하기로 결정 했다. 또한,는 MBP 태그 에이즈 대상 단백?…
The authors have nothing to disclose.
이 연구에 의해 제공 된에 대 한 자금: 국가 주요 연구 개발 프로그램의 (2017YFD0201400, 2017YFD0201403), 국립 자연 과학 재단의 중국 (31320103922, 31230061)와 중국의 프로젝트의 국가 기초 연구 (973) 프로그램 중국 (2015CB856500, 2015CB856504)입니다. 우리는 beamline BL17U1 상해 싱크 로트 론 방사선 시설 (SSRF)에서 직원에 게 감사입니다.
pET-28a-HMT vector | This modified pET vector contains a hexahistidine tag, an MBP fusion protein and a TEV protease cleavage site at the N-terminus (Lobo and Van Petegem, 2009) | ||
E. coli BL21 (DE3) strain | Novagen | 69450-3CN | |
HisTrapHP column (5 mL) | GE Healthcare | 45-000-325 | |
Amylose resin column | New England Biolabs | E8021S | |
Q Sepharose high-performance column | GE Healthcare | 17-1154-01 | |
Amicon concentrators (10 kDa MWCO) | Millipore | UFC901008 | |
Superdex 200 26/600 gel-filtration column | GE Healthcare | 28-9893-36 | |
Automated liquid handling robotic system | Art Robbins Instruments | Gryphon | |
96 Well CrystalQuick | Greiner bio-one | 82050-494 | |
Uni-Puck | Molecular Dimensions | MD7-601 | |
Mounted CryoLoop – 20 micron | Hampton Research | HR4-955 | |
CryoWand | Molecular Dimensions | MD7-411 | |
Puck dewar loading tool | Molecular Dimensions | MD7-607 | |
Nano drop | Thermo Scientific | NanoDrop One | |
Crystal incubator | Molecular Dimensions | MD5-605 | |
X-Ray diffractor | Rigaku | FRX | |
PCR machine | Eppendorf | Nexus GX2 | |
Plasmid mini-prep kit | Qiagen | 27104 | |
Gel extraction kit | Qiagen | 28704 | |
SspI restriction endonuclease | NEB | R0132S | |
T4 DNA polymerase | Novagen | 2868713 | |
Kanamycin | Scientific Chemical | 25389940 | |
IPTG | Genview | 367931 | |
HEPES | Genview | 7365459 | |
β-mercaptoethanol | Genview | 60242 | |
Centrifuge | Thermo Scientific | Sorvall LYNX 6000 | |
Sonnicator | Scientz | II-D | |
Protein purification system | GE Healthcare | Akta Pure | |
Light microscope | Nikon | SMZ745 | |
IzIt crystal dye | Hampton Research | HR4-710 | |
Electrophoresis unit | Bio-Rad | 1658005EDU | |
Shaker Incubator | Zhicheng | ZWYR-D2401 | |
Index crystal screen | Hampton Research | HR2-144 | |
Structure crystal screen | Molecular Dimensions | MD1-01 | |
ProPlex crystal screen | Molecular Dimensions | MD1-38 | |
PACT premier crystal screen | Molecular Dimensions | MD1-29 | |
JCSG-plus crystal screen | Molecular Dimensions | MD1-37 |