Bu iletişim kuralı ile örneklenir bir heterobifunctional silane Bağlantı Aracısı atomik kuvvet mikroskobu dayalı tek molekül kuvvet spektroskopisi için tasarlanmış silikon-oksit yüzeyler için proteinlerin immobilizasyon kovalent açıklar RrgA etkileşim (pilus-1 İpucu adhesin, S. pneumoniae) fibronektin ile.
Son yıllarda, atomik kuvvet mikroskobu (AFM) bizim anlayış moleküler özellikleri ve işlevleri genişletilmiş tek molekül kuvvet spektroskopisi (SMFS) temel. Bize bir çokluğu biyofiziksel mekanizmaları, Örneğin, ana bilgisayar yüzey reseptörlerinin daha ayrıntılı nasıl bakteriyel adhesins bağlama keşfetme fırsatı verdi. Diğer faktörler arasında katı yüzeyler ve AFM ipuçları üzerinde ilgi biomolecules fonksiyonel ve yerel immobilizasyon SMFS deneyler başarısı bağlıdır. Burada, silikon yüzeylere silane-PEG-carboxyls ve köklü N-hydroxysuccinimid/1-ethyl-3-(3-dimethyl-aminopropyl)carbodiimid (EDC/NHS) Kimya sırada kullanarak proteinlerin kovalent kaplin için basit bir protokol tanımlayan pilus-1 adhesin RrgA arasındaki etkileşimin gram-pozitif bakteri Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) hücre dışı matriks proteini fibronektin (Fn) ile keşfetmek için. Yüzey functionalization Fn homojen bir dağılım cam yüzeyi ve RrgA uygun bir konsantrasyon ucunda AFM prensibine göre hedef değeri ile etkileşim olaylar sırasında SMFS % 20’e kadar belirgin yol bizim sonuçları göster ölçümleri ve RrgA 52 pN bir kaba kuvvet ile Fn için bağlar ortaya koydu. Protokol çift üzerinden site belirli ücretsiz thiol grupları için ayarlanabilir. Bu önceden tanımlanmış bir protein veya molekül yönde sonuçlar ve SMFS yanı sıra biyofiziksel diğer uygulamalar için uygundur.
Cımbız, optik ve manyetik yanında atomik kuvvet mikroskobu (AFM)1,2 analiz ve molekülleri işlemek için yararlı bir araç olarak ortaya çıkmıştır ve kendi özellikleri ve işlevleri, onların yanıt-e doğru dış güç3 de dahil olmak üzere araştırma ,4. Buna ek olarak enzim bağlantılı immunosorbent assay (ELISA) gibi yöntemler için plasmon rezonans (SPR) veya kuvars kristal microbalance (QCM) kurulumları, AFM sağlar etkileşimleri tek molekül (SMFS)5 ve tek hücre düzeyi (SCFS)6 ölçmek için yüzey . Bu teknolojiler bağlama düzenekleri Fn proteinler S. aureus üzerinden oluşturduğu FIMH mannoz7veya tandem β-fermuar ile yinelenen denetim E. coli pilus protein etkileşim için bulunan catch tahvil gibi değerli fikir vermiştir bağlama Fn8üzerine. Pilus-1 adhesin RrgA9,10 gram-pozitif bakteri Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae)11 dan fibronektin12 ‘ ye bağlamak mümkün olduğunu göstermek son zamanlarda başardık onun iki terminal etki alanı ile. Bu tandem β-fermuar farklıdır ve piliated görevi oluşturur ve bir geçici fibronektin içeren iletişim ana yüzeyler13sürdürmek izin verebilir yeni bir iki etki alanı bağlama mekanizması ortaya.
SMFS deneyler başarısı biomolecules katı yüzeyler ve AFM ipuçları üzerinde fonksiyonel ve yerel immobilizasyon eleştirel bağlıdır. Yüksek güçler SMFS ölçümler sırasında oluşabilir gibi proteinler tercihen kovalent yüzeye birleştiğinde olabilir. Orada çok sayıda immobilizasyon proteinleri ve diğer biomolecules, hem de nano parçacıklar ve edebiyat14‘ te,15 açıklanan diğer cihazlar (inorganik) katı yüzeyler üzerinde tüm hücreler için farklı bağlantı yöntemleri ,16,17,18,19,20,21,22,23,24, 25,26,27. Bu protokoller kez yapmak tehlikeli maddelerin kullanımı, gerçekleştirmek ve/veya yangın önleyici donatım (Örneğin, plazma temizleyici) gerektiren zordur. Çift moleküllere cam için basit bir yol silane reaktif grup bir tarafta ve diğer yan Amin-reaktif bir grup ile heterobifunctional crosslinkers daha kalın bir polimer tabaka eklemektir. Uygulamaya bağlı olarak, değişken uzunlukta, e.gesnek hidro-karbon zincirlerinin kaplin ajanlar kapsayabilir., polyethylenglycol (PEG). Non-spesifik etkileşim (Örneğin, hidrofobik, elektrostatik ve van-der-Waals etkileşimleri) değiştirilmiş yüzeylerin bastırmak ve eşleşmiş molekül dönme özgürlük sağlayabilir.
Burada, bir veya daha fazla ücretsiz amino grubu içeren proteinlerin kovalent kaplin için genel bir iletişim kuralı tanımlamak (-NH2) cam yüzeyler ve silikon nitrür AFM ipuçları üzerinden bir heterobifunctional ethoxy silane-PEG-karboksil (-COOH). RrgA ve hücre dışı matriks proteini Fn etkileşimi dayalı hangi örneklenir SMFS deneylerde, bu protokolü kullanılabilir (genel bir bakış için bkz: Şekil 1 ).
Yüzey28,29,30,31silanization ilk adımdır. Bu büyük ölçüde reaktif SiOH grupları oluşturmak üzere kaplin Ajan ethoxy grupları hidroliz içerir. Bunlar substrat SiOH grup ile tepki verebilir. Birincil bir yoğunlaşma adım, bu silanols formu hidrojen bağları ve substrat yayıldı. (Bu genellikle ısı veya su kaldırmak için vakum gerektirir) ikincil yoğunlaşma tepki siloxane bağları kurdu. Bu bir kovalent bağlı organo-silane katmanda olur.
Kaplin için işlevsel proteinlerin ikinci adımdır (-COOH) polimer32kişiden genişletmek grupları. İlk olarak, asit köklü NHS/EDC ile kazanan bir reaktif N-hydroxysuccinimid (NHS) ester orta, dönüştürülür (1-etil – 3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimid Kimya33 ve nükleofilik ikame geçer sonunda bir Amid bağı proteinler üzerinde birincil aminler ile form.
Bu şekilde RrgA silikon nitrür AFM ipuçları ve cam yüzeylerde rastgele yönde için insan Fn birleştiğinde ve etkileşim kuvvetleri tek molekül düzeyde analiz edildi. Bizim sonuçları açıklanan yüzey kimyası Fn homojen bir dağılım cam yüzeyi ve RrgA uygun bir konsantrasyon ucunda belirgin etkileşim olaylar SMFS ölçümler sırasında % 20’e kadar hedef değerine göre yol gösteriyor. Bu kimya belirsiz arka plan etkileşimleri azaltır, veri toplama sırasında küçük değişiklik tabidir ve bu nedenle mükemmel kesin SMFS deneyler için uygundur.
AFM SMFS dayalı olduğundan, doğrudan içi ve bireysel proteinler, nükleik asitler ve diğer biomolecules3,4,5cins güçleri soruşturma için yaygın olarak kullanılan bir teknik gelişti. Başarılı SMFS deneyleri için uygun bir yüzey strateji kaplin bir önkoşuldur. Doğal ve sentetik polimerler intramolecular kuvvetlerinde soruşturma için polimerler doğrudan substrat yüzey ve AFM İpucu36,38,39,40,41birleştiğinde. Moleküler bağlar gibi arası moleküler etkileşimleri incelenmesi için ancak, bu etkileşim ortakları için AFM ucu eklemek için esnek bağlayıcı molekülleri heteroseksüel bifonksiyonel PEG bağlayıcı veya polipeptid zincirleri, gibi kullanmak için tavsiye edilir ve substrat yüzey, bağlama ortakları doğru yönlendirmeye daha kısa menzilli yüzey kuvvetlerin üstesinden gelmek ve denatürasyon ve proteinler21,22,23unfolding önlemek için izin vermek için 24,25,26,27,42. Bu nedenle heteroseksüel bifonksiyonel PEG çubukları kullanarak erişilebilir onların Birincil aminler, proteinler ile kovalent immobilizasyon için sade ve düz ön protokol nitelendirdi.
Biz onun uygulanabilirliği gösterdiği etkileşimi soruşturmaya güçleri arasında adhesin RrgA S. pneumoniae üzerinden ve hücre dışı matriks proteini Fn, son açıklanan ayrıntılı olarak başka bir yerde13.
Yüzey kimyası iyi kurulmuş ve analiz ve benzer yaklaşımlar başarıyla birden fazla SMFS deneyler19,42,43,44,$45kullanılmıştır. Silane polimer yüzeye, kaplin için kullanılan silylether hidroliz tabi var. Silanization işlemi sırasında kontrol edilebilir kurulan siloxane tahvil tutarı hidroliz derecesine bağlıdır. Yüksek etkileşim kuvvetleri (≥ 1000 pN) SMFS ölçümler sırasında bekleniyor, silanization siloxanes sürekli bir tabaka oluşumuna neden olan gerçekleştirilen üzerinden buharı fazlı ifade30 olmalıdır. Birçok deney (Örneğin, birçok protein-protein etkileşimleri) gelince etkileşim kuvvetleri birkaç yüz pN ve hangi siloxane oluşumu bir sulu faz üzerinden ifade tarafından yürütülen ve ilişkisiz açıklanan yordamın aralığında bulunmaktadır. Organo-silanes düşünceli (adım 1.1.8) ısı ile kür tarafından takip etanol (adım 1.1.7) ile yıkanır, yeterli.
Başka bir önemli adım kalan EDC yıkayın etmektir ve yemek artıkları üzerinde proteinler karboksil grupları harekete geçirmek yol açacak gibi yüzey (1.2.3. adım) NHS molekülleri kapalı. Bu çapraz ya sonuçta işlevselliğini değiştirebilir aynı yüzeyi proteinlerin olabilir veya kovalent çift diğer proteinlere karşı yüzeyi proteinleri harekete geçirmek. Bu yüzey ve muhtemelen etki alanı unfolding tarafından eşliğinde yüksek kopma kuvvetleri sonuçlanan AFM ucu arasında proteinlerin sıkma için neden olabilir ( Şekil 3b, 1, 4 ve 5, izleme Bkz: Fn etki alanından unfolding)46. PEG spacer etkin NHS esterleri doymamış bırakılırsa aynı sorun ortaya çıkabilir. (Tris birincil Amin kalan amino reaktif grup quenches gibi bu nedenle, arabelleğe alınan Tris salin ile kuluçka adım 1.2.6), önerilir.
Kademeli protokol sonrası yol açar Fn homojen bir dağılım için silanized cama (bkz. Şekil 2) yüzey, protein dimerik şeklinde bırakarak. Bu çözüm yapısında Fn´s benzer ve önceki AFM veriler diğer örnek yüzeyler37ile tutarlıdır. Buna ek olarak, RrgA uygun bir konsantrasyon AFM ucunda, hangi SMFS ölçümler sırasında (Şekil 3 ve Şekil 4) ~ %20 iyi tanımlanmış etkileşim olayların hedef değeri oluşturur elde edilir. Silane-farklı ikincil fonksiyonel grupların ajanlarla kombinasyonu yanı sıra protein konsantrasyonu ve/veya kuluçka kez değişen örnek substrat ve konsol ucu birleştiğinde molekülleri miktarını denetlemek için başka bir zarif yolu var. Protein reaktif grup PEG-polimer uzanan oranını değiştirerek, immobilize proteinler sayısı kontrollü15,16,17,18olabilir.
Burada açıklanan protokol diğer -NH2 içeren molekülleri hareketsiz veya çift proteinlere cam ve silikon nitrür yanı sıra diğer silisyum oksit yüzeye ayarlanması için kullanılabilir. Protein tasarımına bağlı olarak, Amin reaktif karboksil grubu protein ile çift için bir sulfhydryl reaktif gruba (Örneğin, maleimide veya pyridyl ortho disülfür) onun özgür-ebilmek çevrilmek-SH gruplar. FN için bu sonuç bir önceden tanımlanmış yönlendirme13,17,20.
Özetle, bu protokol farklı gereksinimleri hizmet için ayarlanabilir ve yanı sıra tek molekül kuvvet spektroskopisi deneyler biyofiziksel diğer uygulamalar için uygundur.
The authors have nothing to disclose.
TB ve HG Avrupa Araştırma Konseyi “Cellufuel, gelişmiş Grant No 294438” mali desteğini kabul edersiniz. HCS Federal Bakanlığı mali desteği eğitim ve araştırma Innovationsallianz Technofunktionale hasta (TeFuProt) yoluyla kabul eder, SS mali kabul eder bilim ve eğitim için Bavyera Devlet Bakanlıktan destek araştırma odağı “Herstellung und biophysikalische Charakterisierung dreidimensionaler Gewebe – CANTER”. Biz Conny Hasselberg-Christoph ve Martina Hörig teknik destek için teşekkür ederiz
Material | |||
2-Propanol | Carl Roth | 6752 | |
1-(3-dimethylaminopropyl)-3-ethylcarbodiimide | Sigma-Aldrich | 03450 | EDC |
Acetic acid | Carl Roth | 3738 | 100 %; analytical purity |
Doubly distilled water | |||
Ethanol | Carl Roth | 9065 | ≥ 99.8 %; analytical purity |
Ethoxy silane polyethylene glycol acid | Nanocs | PG2-CASL-5k | 5 kDa; COOH-PEG-Si(OC2H5)3 |
Hydrochloric acid | Carl Roth | X896 | 32 % |
N-Hydroxysuccinimid | Merck | 804518 | NHS; for synthesis |
Phosphate Buffered Saline – Dulbecco | Biochrom | L1825 | PBS |
Probe molecule e.g. Fibronectin, human plasma | Sigma-Aldrich | F1056 | |
Probe molecule e.g. RrgA | Produced in laboratory | ||
Sodiumchlorid | Carl Roth | 9265 | NaCl |
Tris(hydroxymethyl)-aminomethan | Carl Roth | AE15 | ≥ 99,3 %; TRIS; Buffer Grade |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Equipment | |||
Beakers | |||
Glass cutter | |||
Glass slides | Carl Roth | 0656 | |
Inert gas desiccator | Sicco | ||
Inverted Microscope – Zeiss Axiovert 200 | Zeiss | ||
JPK NanoWizard 1 | JPK Instruments | ||
JPK NanoWizard SPM and DP software | JPK Instruments | ||
Laboratory oven | Binder | ||
Magnetic stirrer | IKA | ||
Micro spatula | |||
Microcentrifuge tubes | |||
Microsoft Excel | Microsoft | ||
Parafilm M | Brand | 701606 | |
Petri dishes | |||
pH-meter | Knick | ||
Pipettes | Starlab | 10-100 µl, 50-200 µl, 100-1000 µl | |
Precision balance | Acculab | ||
Silicon nitride cantilever – MLCT | Bruker AXS S.A.S | Spring constant ≤ 100 pN/nm | |
Sonication bath | Bandelin | ||
Staining jar | |||
Stereo microscope – Zeiss Stemi | Zeiss | ||
Stir bar | |||
Kimtech science precision wipes | Kimberly-Clark | ||
Twezzers | |||
UV PenRay | UVP, LLC | 90-0012-01 | Mercury spectrum with the primary energy at 254 nm |
Vacuum desiccator | |||
Vacuum pump | |||
Vortex mixer | VWR | ||
Weighing paper | Carl Roth | TP64 |