이 프로토콜 선호도 모 세관 전기 이동 법에 의해 모 세관 젤 전기 이동 법 및 충전된 ligands에 대 한 빠른 바인딩 심사를 단백질 샘플의 특성을 결합합니다. 그것은 본질적으로 무질서 단백질 등 유연한 구조를 가진 단백질에 대 한 다른 conformers에 대 한 바인딩 차이 확인 하려면 권장.
식물은 강하게 그들의 환경에 따라 달라 집니다. 스트레스 변화 (예:가뭄, 높은 염 분)을 조정 하기 위하여 더 높은 식물 진화 산화 및 삼투성 스트레스를 줄이기 위해 본질적으로 무질서 단백질 (IDPs)의 클래스. 이 문서는 애기 thaliana에서 IDP AtHIRD11의 다른 conformers의 바인딩 동작을 설명 하기 위해 모 세관 젤 전기 이동 법 (CGE)와 이동성 교대 선호도 전기 이동 법 (ACE)를 사용 합니다. CGE는 AtHIRD11의 순도 확인 하 고 복잡 한 피크 패턴에 대 한 이유로 서 조각, posttranslational 수정 및 기타 불순물을 제외 하는 데 사용 됩니다. 실험의이 부분에서 다른 샘플 구성 요소는 그들의 다른 대 중에 의해 모 세관 내부 점성 젤으로 구분 하 고 다이오드 배열 검출기 감지. 그 후, 다양 한 금속 이온으로 샘플의 바인딩 동작은 에이스에 의해 조사 하 고 있다. 이 경우에 ligand 버퍼 솔루션에 추가 되 고 마이그레이션 시간에 변화 여부 바인딩 이벤트 발생 여부를 결정 하기 위하여 측정 된다. CGE와 에이스의 조합 IDP의 바인딩 동작을 사용 하 여의 장점 중 하나는 젤 전기 이동 법 및 바인딩 분석 결과를 자동화 가능성입니다. 또한, CGE 고전 젤 전기 이동 법 보다 탐지의 하한값을 보여줍니다 이며 에이스 빠른 방법에 있는 ligand 바인딩 방식으로 확인할 수 있습니다. 또한, 에이스 금속 이온 보다 다른 청구 종에도 적용할 수 있습니다. 그러나, 실험 바인딩에 대 한이 메서드를 사용 하 여 바인딩 사이트 수를 결정 하는 기능에 제한 됩니다. 그럼에도 불구 하 고, CGE와 에이스의 조합 다 충전된 ligands 향해 어떤 단백질 샘플의 바인딩 동작을 특성화에 대 한 적응 될 수 있다.
식물은 다른 많은 생명체 보다 자신의 환경에 더 의존. 때문에 식물은 다른 곳으로 이동할 수 없습니다, 그들은 변화 (예를 들면, 가뭄, 추위와 높은 소금 농도) 그들의 주위에 있다. 따라서, 더 높은 식물 dehydrins, 높은 염 분에 관련 된 세포 스트레스를 줄이기 위해 다양 한 작업을 수행 같은 전문된 스트레스 단백질을 개발 했다. 이 단백질 셀 안에 물과 이온 바인딩, 바인딩 Cu2 +로 산화 스트레스를 감소-이온, 인지질으로는 cytoskeletons와 상호 작용 하는 고. 또한, 바인딩 Zn2 +-이온이이 단백질 녹음 방송 요인의 역할을 수 있습니다. 그들의 능력을 바인딩할 캘리포니아2 +-이온 인 산화 또한 후 보고1.
이 단백질의 다기능 동작 소수 성 아미노산 잔류물의 부재와 관련이 있습니다. 따라서, 그들은 부족 펩 티 드 사슬 및 또한 제한 구조 내부의 소수 성 상호 작용. 그러나, 이러한 단백질 부족 제한적인 구조, 때문에 그들은 동일한 조건 하에서 다른 conformers 차지할 수 있습니다. 따라서, 그들은 설명할 수 있습니다 최고의 단일 구조 아니라 구조의 앙상블. 이러한 속성 가진 단백질 단백질 (IDPs) 본질적으로 무질서 하 고 스트레스 단백질 및 진 핵 세포2다른 통로 사이 누화에 대 한 널리 사용 되는 개념으로 알려져 있다.
이러한 스트레스 관련 IDPs 중 하나는 AtHIRD11입니다. 그것은 대부분 매우 가뭄 표현 IDPs 애기 thaliana중 하나입니다. 따라서, 다른 conformers 충전 비율, 그들의 효과적인 반경으로 분리 될 수 있다 그리고 모 세관 전기 이동 법 (세 륨) 추가 수사를 위해 사용 되었습니다. 이전 에이스 실험 AtHIRD11와 Cu2 +-, Zn2 +-, Co2 +및 Ni2 +같은 전이 금속 이온 간의 상호 작용을 시연-이온. 하 라 외 에 상세한 결과 찾을 수 있습니다. 3 그리고 Nachbar 외. 4.
에이스 메서드를 여기에서 사용 될 것입니다 우리의 이전 저서6을 기반으로 합니다. 그러나, 단백질 견본을 EOF 표식 acetanilide 추가 적합 하지 않습니다. AtHIRD11 넓은 피크 패턴을 표시 하 고 두 봉우리를 위장 것 샘플에 EOF 표식 추가. 따라서, 표시자는 별도 실행에 사용 됩니다. 바인딩 동작을 검사 하기 전에 그것에서 다른 conformers 이전 실험 중에 발견 하는 봉우리는 확인 된다. 따라서, CGE는 단백질 conformers 사이 구별 하는 데 사용 됩니다는 포스트 번역 상 수정 단백질, 및 그들의 다른 대 중에 의해 AtHIRD11의 조각 같은 불순물. 그 후, 다양 한 다른 금속 이온으로 특징이 AtHIRD11 샘플의 바인딩 동작 조사 이다.
이 문서의 목적은 다른 conformers의 바인딩 동작에 차이 평가 하기 위해 IDP와 샘플의 다른 구성 요소를 구분 하는 실험 설치를 설명 하는 것입니다.
모든 CE 실험, 모 세관의 준비는 중요 한 단계 이다. 작은 직경을 가진 유리 튜브 때문에, 처리 되 고 때 코팅을 제거 하는 관광 명소에 쉽게 끊을 수 있다. 에 모 세관의 설치는 매우 신중 하 게 이루어져야 한다.
주로 에이스 메서드를 사용 하 여 중요 한 단계는 실험적인 체제에 관계 한다. 다른 중요 한 단계는 오른쪽 샘플 주입 매개 변수를 찾아내고 있다. 샘플의 주입된 양을 …
The authors have nothing to disclose.
우리 감사 감사 Masakuza 하 라 (녹색 과학 연구 및 기술, 시즈오카 대학, 일본) AtHIRD11 단백질 샘플 제공.
AtHIRD11 sample | Shizuoka University (Group Prof. M. Hara) | – | Dehydrin Protein from Arabidopsis thaliana expressed in Escherichia coli |
Barefused silica capillary | Polymicro Technologies (Phoenix, USA) | 106815-0017 | TSP050375, 50 μm inner diameter, 363 μm outer diameter, polyimide coating |
Agilent 1600A | Agilent Technologies (Waldbronn, Germany) | comercially not available anymore | Capillary electrophoresis instrument; Agilent 7100 CE can be used instead |
Agilent 7100 CE | Agilent Technologies (Waldbronn, Germany) | G7100A | Capillary electrophoresis instrument |
Injekt 2 mL | B. Braun (Melsungen, Germany) | 4606051V | Syringe for filtration |
Rotilabo-syringe filters | Carl Roth GmbH + Co. KG (Karlsruhe, Germany) | KY62.1 | PVDF membrane filter for solution filtration |
Eppendorf Research plus 10 μL | Eppendorf (Wesseling-Berzdorf, Germany) | 3121 000.023 | Micro pipette for sample handling |
Eppendorf Research plus 10 μL | Eppendorf (Wesseling-Berzdorf, Germany) | 3121 000.120 | Micro pipette for handling the ligand solutions |
Bulb pipette 10 mL | Duran Group GmbH(Mainz, Germany) | 24 338 08 | Preparing theNaOH solution |
Bulb pipette 25 mL | Duran Group GmbH(Mainz, Germany) | 24 338 14 | Preparing the ligand solution |
Duran glas volumetric flask 25 mL | Duran Group GmbH(Mainz, Germany) | 24 671 1457 | Preparing the ligand stock solution |
Duran glas volumetric flask 10 mL | Duran Group GmbH(Mainz, Germany) | 24 671 1054 | Preparing the ligand stock solution |
Proteome Lab SDS MW Gel Buffer | Beckman Coulter (Brea, USA) | comercially not available anymore | Separation during capillary gel electrophoresis / Alternative SDS buffer: CE-SDS run buffer from Bio-Rad Laboratories (München, Germany) Catalog Number: 1485032 |
Acetanilide | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 397229-5G | Electroosmotic flow marker |
Manganese(II) chloride | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 13217 | Ligand |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 431788-100G | Rinsing ingredient |
Bariumchloride | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 202738-5G | Ligand |
Sodium dodecyl sulfate | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 71729-100G | Solublizing protein for capillary gel electrophoresis |
Nickel(II) chloride hexahydrate | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 654507-5G | Ligand |
Selenium(IV) chloride | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 323527-10G | Ligand |
2-amino-2-hydroxy-methylpropane-1.3-diol (Tris) | Sigma-Aldrich (Steinheim, Germany) | 252859-100G | Buffer ingredient |
Zinc(II) chloride | Merck Millipore ( Darmstadt, Germany) | 1088160250 | Ligand |
Strontium nitrate | Merck Millipore ( Darmstadt, Germany) | 1078720250 | Ligand |
Calcium chloride dihydrate | Merck Millipore ( Darmstadt, Germany) | 1371015000 | Ligand |
37% hydrochloric acid | Merck Millipore ( Darmstadt, Germany) | 1003171000 | Adjusting pH |
Copper(II) chloride dihydrate | Riedel-de Haën (Seelze, Germany) | 31286 | Ligand |
Sonorex Longlife RK 1028 CH 45L | Allpax (Papenburg, Germany) | 10000084;0 | Ultrasonic bath |
Agilent ChemStation Rev. 8.04.03-SP1 | Agilent Technologies (Waldbronn, Germany) | G2070-91126 | Software packages to operate the CE instruments, acquisite data and evaluate it |