genotypning av<em> Staphylococcus aureus</em> vid Ribosomal Spacer PCR (RS-PCR)

Staphylococcus (S. aureus) är känd som den viktigaste patogenen i världen ansvariga för intramammär infektion (IMI) hos nötkreatur ^1. Studien av Fournier et al. ² visat i schweiziska kor och studier av Cosandey et al. ³ och et al. Boss ⁴ i kor av 12 europeiska länder som S. aureus isolerade från bovin IMI är en genetiskt heterogen grupp. Genom PCR-förstärkning av 16S-23S rRNA intergena spacerområdet (RS-PCR), var en totalt 17 genotyper som ursprungligen upptäcktes i 101 epidemiologiskt oberoende isolat ^2. Genotyp B och genotyp C (GTC) var vanligast (80%), medan de övriga 15 genotyper (GTS) inträffade sällan, var att göra 1-4% av alla isolat. På europeisk nivå ^3, GTB, GTC, GTF, GTI, och GTR var de viktigaste genotyperna omfattar 76% av alla analyserade stammar (n = 456). GTB var beläget i Centraleuropa whereas andra genotyper har spridits. De återstående 24% av stammarna ingår 41 genotyper, många av dem, dock observerades endast en gång.

Studierna av Fournier et al. ^2, et al. Cosandey ^3, och et al. Graber ⁵ visade vidare att genotyper starkt förknippades med deras virulens gen mönster, liksom vid den schweiziska som på europeisk nivå. Studierna visade ytterligare massiva skillnader i IMI prevalens bland S. aureus GTB, GTC och andra genotyper ^2,5: väger GTB, upp till 87% av korna i en hjord infekterades av denna genotyp. I fallet med GTC och av de andra genotyper emellertid IMI hittades endast i ett till två kor i en hjord.

IMI orsakad av S. aureus, resulterar normalt i inflammation i motsvarande mjölkkörtlar och en ökning av inflammatoriska celler i mjölk. Som en konsekvens, den somatiska cell coUNTS i mjölk (SCC), den viktigaste indikatorn för mjölkkvalitet i de flesta länder, ökar vilket leder till en minskad mjölkpris eller ens leverans stopp.

Förutom RS-PCR av Fournier et al. ^2, har andra typningsmetoder beskrivits för subtyp stammar av S. nötkreatur aureus ^11/8. Två vanligaste inkluderar spa-typning ¹² och Multi Locus Sequence Typing (MLST) ^13. Den förstnämnda en är baserad på DNA-sekvensering av den variabla spacerområdet av det stafylokock-spa-genen som kodar för protein A, medan den senare en kräver sekvensering av 7 hushållningsgener. Detta innebär att en ¹² och sju PCR ^13, respektive, behöver utföras, följt av amplikon rening, sekvenseringsreaktion och analys med hjälp av särskild utrustning. Jämfört med RS-PCR, kräver dessa metoder en avsevärd ytterligare insats i laboratoriet som resulterar i en låg provkapacitet och höga kostnader. Degenomströmningen är särskilt låg för PFGE. Med tanke på upplösningen av dessa metoder för stammar av S. nötkreatur aureus, RS-PCR är åtminstone lika bra som spa skriva ⁴ och bättre än MLST ⁴ eller PFGE ^15.

Alla dessa metoder, inklusive binära typning ¹³ visat sig vara effektiva i att få ytterligare insikt i patogenesen av bovin IMI orsakad av S. aureus, men på grund av de nämnda begränsningarna är de mindre lämpliga för stora kliniska undersökningar. Dessutom genotypning av RS-PCR såsom beskrivet av Fournier et al. ² medger tillförlitlig förutsägelse av den epidemiologiska och patogena potential S. aureus inblandad i bovin IMI, två nyckelvärden i klinisk veterinärmedicin.