Filogenetik ağaçlar birçok biçimdedir. Organizmaların ağacın altından tepesine hangi sırayla sıralandığı önemlidir, ancak dallar bilgileri değiştirmeden düğümlerinde dönebilirler. Tek tek düğümleri birbirine bağlayan çizgiler düz, açılı ve hatta eğimli olabilir.
Dalların uzunluğu, zamanı veya organizmalar arasındaki göreceli değişim miktarını gösterebilir. Örneğin, dal uzunluğu, filogenetik ağacın altında yatan dizideki amino asit değişikliklerinin sayısını gösterebilir. Tam anlam, filogenetik ağaca eşlik eden bir açıklamada açıkça gösterilmelidir. Böyle bir açıklama yoksa, dal uzunluğu keyfidir ve okuyucu herhangi bir bilgi çıkarmamalıdır.
Ağaçların bir kökü olabilir veya olmayabilir. İlgili tüm organizmaların en son ortak atası bilinmiyorsa, ağaç köksüzdür. Bu durumda, filogenetik ilişkilerin tasviri bir ağaca değil, bir kar tanesine benzer. Bilim adamı, analize bir dış grup ekleyerek ağacı kökleyebilir. Dış grup, bilim adamının ağaç üzerinde düzenlemek istediği hiçbir organizma ile yakından ilişkili olmayan bir organizmadır.
