نظراً لأنه يتم قطع أجزاء الحمض النووي وإعادة تنظيمها بطريقة محددة الاتجاه، فقد ظهرت إعادة التركيب الخاصة بالموقع كطريقة فعالة للهندسة الوراثية. إعادة اتحاد فليباز و التشكيل الحلقي أو Flp و Cre، على التوالي، هما عضوان في إنزيم التيروزين ريكومبيناز عائلة مشتقة من عاثيات البكتيريا، والتي تُستخدم للتوسط في عمليات إدخال الحمض النووي الخاصة بالموقع وحذفه والتعبير المستهدف للبروتينات في خطوط خلايا الثدييات.
يبلغ طول مواقع التعرف على ريكومبيناز Cre التي تسمى مواقع LoxP حوالي 34 زوجاً أساسياً. تحتوي مواقع LoxP على 13 تسلسلًا متناظراً قبل الميلاد، مما يعني أن تسلسل النوكليوتيدات يقرأ نفس الشيء في كل من الاتجاهات من 5’؛ إلى 3’؛ ومن 3’؛ إلى 5’؛. تعد إعادة التركيب الخاصة بالموقع بوساطة إعادة التركيب المترابطة من أكثر الطرق شيوعاً المستخدمة في إنشاء الفئران المعدلة وراثياً ذات الطفرات المكتسبة. يسمح استخدام المتغيرات القابلة للحرارة من ريكومبيناز مع محفزات معينة للأنسجة بالتحكم المكاني في تعبير وأفعال Cre ريكومبيناز. على سبيل المثال، يسمح وضع محفز كادرين الخاص بالكلى في بداية جين Cre بالتعبير عن الإنزيم فقط في أنسجة الكلى. من أجل التحكم الزمني في نشاط إعادة التركيب الكيميائي لـ Cre، يتم دمج جين الإنزيم مع مجال ربط يجند بحيث يتم التعبير عن الإنزيم فقط في وجود ligand محدد.
يتمثل أحد القيود الرئيسية في استخدام إعادة التركيب الخاصة بالموقع كأداة لتعديل الجينوم في أنه يجب إدخال موقع أو مواقع هدف إعادة التركيب أولاً أو يجب أن تكون موجودة عن طريق الصدفة. إذا كان من الممكن تحديد موقع الجينوم المتطابق مع موقع التعرف على الإنزيم مسبقاً، فيمكن استخدام إعادة التركيب مع “؛ حسب الطلب ”؛ الهدف المحدد. استخدمت الدراسات الحديثة الطفرات وخلط الجينات لتصميم متغيرات Flp التي يمكنها التعرف وظيفيًا على المواقع ذات الطفرات التوافقية. النتائج واعدة للتكرارات المستقبلية لخلط الجينات التي يمكن أن تسفر عن متغيرات Flp أكثر تحديداً ويمكن استخدامها تجارياً كأداة جزيئية لهندسة الجينومات الكبيرة.
