Adından da anlaşılacağı gibi, LTR olmayan retrotranspozonlar, LTR retrotranspozonlarının uzun terminal tekrar karakteristiğinden yoksundur. Ek olarak hem LTR hem de LTR olmayan retrotranspozonlar, farklı mobilizasyon mekanizmaları kullanır. LTR olmayan retrotranspozonlar ayrıca iki sınıfa ayrılır; uzun serpiştirilmiş nükleer elementler (LINE'lar) ve kısa serpiştirilmiş nükleer elementler (SINE'ler), her ikisi de insanlar dahil çoğu memelide bol miktarda bulunur. İnsanlarda aktif LTR olmayan retrotranspozonlardan bazıları L1 elementleri (LINE) ve Alu elementleridir (SINE).
Transpozisyon tipik olarak tesadüfi bir olaydır, yani yeri değiştirilebilir elementin eklendiği konum rastgele olur. Genlere rastgele yerleştirilen transpozonlar, gen ekspresyonuna müdahale edebilir ve genetik işlev bozukluklarına neden olabilir. Klasik bir örnek, L1 retrotranspozonunun hemofiliye neden olan faktör VIII genine eklenmesidir. Tümör baskılayıcı gen Adenomatöz polipoz koli (APC) içinde L1 entegrasyonu kolon kanseri hastalarında da bulunmuştur. SINE elementi Alu, kromozom anormalliklerine neden olur ve ayrıca nörofibromatoz gibi konjenital kusurlarla da bağlantılıdır.
Retotranspozonların bastırılması için hücresel mekanizma, LINE elemanlarının metilasyonu veya kesik retrotranspozonlar üretme gibi kimyasal modifikasyonları içerir. İnsan genomundaki LINE ve SINE elementlerinin büyük çoğunluğu kendilerinin 5’ uçlarında hatalı ters transkripsiyon nedeniyle kesilir. Bu tür retrotranspozonlar genellikle sessizdir, yani yerleştirildikten sonra gen ekspresyonunu etkilemezler.
Kanserli hücrelerde retrotranspozonların oluşumu, kanser biyobelirteçleri olarak L1 gibi retrotranspozonlar geliştirmek için kullanılmıştır. Kanserli hücrelerde L1 metilasyonunun önemli ölçüde azaldığı gözlenmiştir. Bu tip hipometilasyon, genomik kararsızlığa yol açar. Hipometilatlanmış L1 seviyeleri, meme, kolon ve cilt kanseri gibi maligniteler için biyolojik belirteçler olarak araştırılmıştır.
