Во многих случаях ферменты требуют дополнительные молекулы называемые кофакторами для работы. Эти молекулы-помощники могут быть классифицированы либо как ионы металлов, либо как органические небелковые молекулы. Например, во время первого этапа гликолиза, кофакторный магний привязывается к ATФ, усиливая связь между двумя фосфатными группами.Это действие позволяет последней фосфатной группе более лёгкий выход с помощью фермента гексокиназы, преобразовывая глюкозу в глюкозу 6-фосфат. Поэтому магний, в качестве кофактора привязывается, и этим увеличивает эффективность АТФ. Другая подгруппа кофакторов коферменты органические соединения, как правило, производные витаминов.Например, витамин C является важным коферментом в синтезе белка коллагена. При связывании гидроксилазы с коллагеном, витамин С способствует гидроксилированию остатков на коллагене. С помощью витамина C, гидроксилаза способствует изменению формы коллагена, приводя к его окончательной структуре тройной спирали, которая очень критична для поддержания важных тканей тела.