Les protéines simples et les complexes protéiques ne contiennent que des acides aminés. En revanche, de nombreuses autres protéines, appelées protéines conjuguées, se lient de manière covalente avec des fragments non protéiques.
Les nucléoprotéines sont des complexes protéiques qui contiennent des acides nucléiques, classés respectivement comme désoxyribonucléoprotéines (DNP) ou ribonucléoprotéines (RNP). Le nucléosome est un exemple typique de DNP où l’ADN nucléaire est associé à des protéines histones. L’antigène majeur du virus Covid-19 SARS-CoV est un RNP qui est essentiel pour la réplication du génome du virus.
Les glycoprotéines sont des protéines conjuguées généralement situées à la surface des cellules. Leur chaîne glucidique courte est constituée de résidus de sucre qui se projettent vers l’extérieur de la cellule. Le domaine glucidique est essentiel pour l’adhésion cellule-cellule, la reconnaissance cellulaire et la transduction du signal.
Les lipoprotéines sont des conjugués protéiques avec une enveloppe protéique sur un noyau lipidique qui contient du cholestérol, des triglycérides ou les deux. Les lipoprotéines de mammifères facilitent le transfert de masse des lipides insolubles entre leurs sites de synthèse dans le foie vers d’autres cellules. Il existe plusieurs types de lipoprotéines classées selon leur densité. Lorsque la quantité d’une ou plusieurs lipoprotéines devient trop élevée, une fraction du complexe devient insoluble. Les lipoprotéines insolubles peuvent se déposer et bloquer l’artère coronaire, entraînant un accident vasculaire cérébral ou une crise cardiaque.
Certains autres types de protéines conjuguées comprennent les phosphoprotéines, les hémoprotéines, les flavoprotéines, les métalloprotéines, les phytochromes, les cytochromes et les opsines. L’hémoglobine, responsable du transport de l’oxygène dans les vaisseaux sanguins, est une protéine conjuguée qui contient du fer dans son groupe prosthétique hème.