"Yaşam ağacı" yaşamın evrimini ve organizmalar arasındaki evrimsel ilişkileri anlatır. Ağacın kökü, Dünya üzerindeki tüm yaşamın ortak atasıdır. Diğer tüm türler tıpkı bir ağacın dalları gibi bu noktadan yayılırlar. Yaşam ağacının üzerindeki bu dalların sayısız ucu, yaşayan ya da yok olan her türü temsil eder. Artık var olmayan türler olan soyu tükenmiş türler ağacın merkezine doğru bulunabilir. Şu anda, hem mevcut hem de nesli tükenmiş bu organizmalar üç domainde düzenlenmiştir: Bakteriler, Arkealar ve Ökaryotlar. Bununla birlikte, bu domainler ve organizmaların sınıflandırılması arasındaki ayrımlar sürekli olarak tartışılmakta ve sonuçta 'yaşam' yaşam ağacı daha fazla bilgi ortaya çıktıkça değişmektedir.
Yaşam Ağacının Tarihi
Yaşam ağacının kendisi, içerdiği organizmalar gibi evrim geçirmiştir. Charles Darwin'in Türlerin Kökeni Üzerine'yi 1859'da yayınlamasından kısa bir süre sonra Ernst Haeckel yaşam için üç "kingdom" önerdi: Bitkiler, Hayvanlar ve Protistler – bunlar sadece bitki ya da hayvan olmayan organizmalardı. Bu kingdomlar arasındaki farklar tamamen kolayca gözlemlenebilir fenotiplere dayanıyordu.
1937'de Edouard Chatton yaşam ağacını ökaryotlar ve prokaryotlar olarak iki büyük 'süperkingdom'lara böldü. Basitçe söylemek gerekirse, ökaryotlar membrana bağlı nukleusa sahipti ve prokaryotlarda membrana bağlı nukleus yoktu. 1970'lerde Woese, Arkea olarak adlandırılan bakteri sınıflandırması altındaki bir grubun bakterilerden birkaç yönden farklı olduğunu buldu: Hücre duvarlarında peptidoglikan olmaması, koenzimlerde farklılıklar ve 16S rRNA gen dizilerindeki farklılıklar. Tüm bu farklılıklar, Arkeaların bakterilerden ayrı bir soydan köken aldığını öne sürüyordu.
Yaşamın Üç Domaini
Modern yaşam ağacı üç 'daldan' oluşur: Bakteri, Arkea ve Ökaryotlar. Bakteri domainleri, membrana bağlı nukleusu olmayan tek hücreli, prokaryotik organizmalardan oluşur. Bakteriler, küresel koklardan çubuk şeklindeki basillere kadar birçok şekilde olabilir. Bu domainin üyeleri, insan vücudu dahil olmak üzere dünyanın hemen hemen her yerinde bulunur.
Bakterilere benzer şekilde, Arkealar de tek hücreli, prokaryotik organizmalardır. Fenotipik olarak, Arkealerin bakterilerden ayırt edilmesi çok zordur. Moleküler düzeyde, Arkealar, replikasyon, transkripsiyon ve translasyon mekanizmaları açısından ökaryotlara benzemektedir. Ancak Arkealar, metabolizma ve enerji dönüşümü açısından bakterilere benzemektedir. Arkealar genellikle yaşanması zor habitatlarda bulunur: Bataklıklar, atık su arıtma tesisleri, okyanusun en derin kısımları ve sıcak asit kaynakları gibi.
