Aquí, presentamos un método automatizado de digestión de proteínas plasmáticas para el análisis proteómico cuantitativo basado en espectrometría de masas. En este protocolo, se simplifican y automatizan los pasos de transferencia e incubación de líquidos para la desnaturalización de proteínas, reducción, alquilación y digestión de trippsina. Se tarda aproximadamente cinco horas en preparar una placa de 96 pocillos con la precisión deseada.