Этот протокол направлен на количественную оценку РНК SARS-CoV-2 в пробах сточных вод и воздуха, которые будут использоваться для эпидемиологических исследований сточных вод, а также на оценку риска воздействия SARS-CoV-2 в аэрозолях внутри и снаружи помещений. Этот протокол также описывает подход к секвенированию с длинной матрицей с мозаичным ампликоном для характеристики всего генома SARS-CoV-2.