פרוטוקול זה מאפשר לחשוף את ההשפעה של פרופג'ים על המארחים שלהם. תרביות חיידקים מסונכרנות באמצעות תנאים התומכים בצורה הטובה ביותר במצב הליזוגני, ומגבילים את ההשראה הספונטנית. RT-qPCR מבדיל באופן חד-משמעי בין גנים מוגבלים לפאגים לבין אלה שאינם מצומדים מבקרת פאגים לבין אלה המתבטאים במהלך מחזור השכפול הליטי.