Denne protokollen beskriver lysstofffluorescerende mikroskopi og automatiserte programvareassisterte metoder for å visualisere og nøyaktig kvantifisere prolifererende og sovende Trypanosoma cruzi-parasitter og T-celler i intakte, klarerte organer og vev. Disse teknikkene gir en pålitelig måte å evaluere behandlingsresultater og gir ny innsikt i parasitt-vert-interaksjoner.