Hybrid <em>De Novo</em> Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Belle M. Sharon; Neha V. Hulyalkar; Vivian H. Nguyen; Philippe E. Zimmern; Kelli L. Palmer; Nicole J. De Nisco

doi:10.3791/62872

/

Гибридная сборка генома De Novo для генерации полных геномов мочевых бактерий с использованием технологий короткого и длинного считывания секвенирования

Journal JoVE
Génétique

This content is Free Access.

Journal JoVE Génétique

Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Гибридная сборка генома De Novo для генерации полных геномов мочевых бактерий с использованием технологий короткого и длинного считывания секвенирования

DOI:

10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

Belle M. Sharon, Neha V. Hulyalkar, Vivian H. Nguyen, Philippe E. Zimmern, Kelli L. Palmer, Nicole J. De Nisco

¹Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, ²Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapitres

00:04Introduction
01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
03:25Sequence the Genome Library
05:14Long (MinION) Reads
06:55Generating Hybrid Genome Assembly
08:34Assessing Assembly Quality
09:34Genome Annotation
10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
11:37Conclusion

Summary

Traduction automatique

Этот протокол детализирует комплексный подход к культивированию, секвенированию и сборке гибридного генома мочевых бактерий de novo. Он обеспечивает воспроизводимую процедуру для генерации полных, круговых последовательностей генома, полезных для изучения как хромосомных, так и внехромосомных генетических элементов, способствующих колонизации мочи, патогенезу и распространению устойчивости к противомикробным препаратам.

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

Методика адаптивной лабораторной эволюции микроорганизмов с использованием хемостатическую

Использование ресурсов CyVerse для<em> De Novo</em> Сравнительная транскриптомика незанятых (немодельных) организмов

Очистка ДНК с высоким молекулярным весом геномной от мучнистой росы для Long-Read Sequencing

Поколения родной Chromatin иммунопреципитации секвенирования библиотек для анализа плотности нуклеосома

Обнаружение редких событий, с помощью Исправлена ошибка ДНК и РНК последовательности

Быстрый и количественный метод для столб-поступательные изменения и вариант включено сопоставление пептидов в геномов

Усиление возле полнометражного ВИЧ-1 Proviruses для виртуализации нового поколения

Высок объём идентификации генов регулирования последовательностей с использованием следующего поколения последовательности круговой хромосома конформации захвата (4C-seq)