Hybrid <em>De Novo</em> Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Belle M. Sharon; Neha V. Hulyalkar; Vivian H. Nguyen; Philippe E. Zimmern; Kelli L. Palmer; Nicole J. De Nisco

doi:10.3791/62872

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Hybride De-Novo-Genomassemblierung zur Erzeugung vollständiger Genome von Harnbakterien unter Verwendung von Kurz- und Langzeitsequenzierungstechnologien

Journal JoVE
Génétique

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Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

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Hybride De-Novo-Genomassemblierung zur Erzeugung vollständiger Genome von Harnbakterien unter Verwendung von Kurz- und Langzeitsequenzierungstechnologien

DOI:

10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

Belle M. Sharon, Neha V. Hulyalkar, Vivian H. Nguyen, Philippe E. Zimmern, Kelli L. Palmer, Nicole J. De Nisco

¹Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, ²Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapitres

00:04Introduction
01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
03:25Sequence the Genome Library
05:14Long (MinION) Reads
06:55Generating Hybrid Genome Assembly
08:34Assessing Assembly Quality
09:34Genome Annotation
10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
11:37Conclusion

Summary

Traduction automatique

Dieses Protokoll beschreibt einen umfassenden Ansatz für die Kultivierung, Sequenzierung und De-novo-Hybridgenomassemblierung von Harnbakterien. Es bietet ein reproduzierbares Verfahren zur Erzeugung vollständiger, zirkulärer Genomsequenzen, die bei der Untersuchung sowohl chromosomaler als auch extrachromosomaler genetischer Elemente nützlich sind, die zur Kolonisierung im Urin, zur Pathogenese und zur Verbreitung antimikrobieller Resistenzen beitragen.

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