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使用短读和长读测序技术生成尿细菌完整基因组的杂交从 头 基因组组装
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Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies
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使用短读和长读测序技术生成尿细菌完整基因组的杂交从 头 基因组组装

DOI:
10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

, , , , ,
1Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, 2Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
  • 03:25Sequence the Genome Library
  • 05:14Long (MinION) Reads
  • 06:55Generating Hybrid Genome Assembly
  • 08:34Assessing Assembly Quality
  • 09:34Genome Annotation
  • 10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
  • 11:37Conclusion

Summary

Traduction automatique

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该协议详细介绍了尿细菌培养，测序和 从头 杂交基因组组装的综合方法。它为生成完整的圆形基因组序列提供了一种可重复的程序，可用于研究有助于尿定植、发病机制和抗菌素耐药性传播的染色体和染色体外遗传元件。

Tags

Hybrid Genome AssemblyUrinary BacteriaShort-read SequencingLong-read SequencingComplete GenomesGenome ArchitectureMobile Genetic ElementsCulturable BacteriaGenome ContentAdapter LigationFlow Cell PrimingDNA Library PreparationSequencing Run

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