Summary

체 외 형광 공명 에너지 전달에 밀리초 시간 규모에서 단백질 복합물의 역학을 공부 하는 사용 하 여

Published: March 14, 2019
doi:

Summary

단백질 단백질 상호 작용은 생물 학적 시스템에 대 한 중요 한 고 단백질 복합물의 기능과 역학에 대 한 통찰력을 제공 하는 바인딩 활동의 연구. 형광 공명 에너지 전달 및 중지 흐름 기법을 사용 하 여 복잡 한 단백질의 운동 매개 변수를 수량화 하는 방법을 설명 합니다.

Abstract

단백질은 생물 학적 시스템의 기본 연산자 그리고 그들은 일반적으로 다른 매크로-또는 그들의 생물 학적 기능을 수행 하는 작은 분자 상호 작용. 이러한 상호 작용은 매우 동적, 상호 작용 subunits 지속적으로 연결 하 고 특정 속도에서 해리를 의미 될 수 있습니다. 빠른 방법에 통찰력을 제공 양적 풀 다운 바인딩 속도 론을 공부 하는 상호 작용의 힘을 보여와 같은 기술을 사용 하 여 바인딩 선호도 측정 하는 동안 상호 작용 발생 하 고 얼마나 오랫동안 각 복잡 한 있을 수 있습니다. 또한,는 상호 작용에 대 한 중요 한 지식을 제공 하는 다른 요인에 의해 규제 메커니즘을 공개 도움이 단백질 교환 요인 등 약물, 추가 요소가 존재 상호 작용의 속도 측정 합니다 생물학과 의학 연구의 전진입니다. 여기, 우리는 높은 내장 협회 속도가지고 있으며 다른 단백질에 의해 신속 하 게 해리 될 수 있는 복잡 한 단백질의 바인딩 활동을 측정 하기 위한 프로토콜을 설명 합니다. 메서드는 생체 외에서, 단백질 복합물의 대형을 보고 형광 공명 에너지 전달을 사용 하 고 모니터링 빠른 연결 및 분리의 중단 흐름 fluorimeter에 실시간으로에서 복잡 한 수 있습니다. 이 분석 결과 사용 하 여 복잡 한 단백질의 협회 및 분리 속도 상수 정량 된다.

Introduction

생물 학적 활동은 궁극적으로 대부분의 사람들과 상호 작용 적절 한 생물 학적 기능에 대 한 단백질에 의해 수행. 계산 방식을 사용 하 여, 인간의 단백질 단백질 상호 작용의 총 금액 650000 ~1, 추정 되 고 종종 이러한 상호 작용의 혼란 리드 질병2. 세포질 organismal 과정 통제에 그들의 필수적인 역할 때문 수많은 방법은 효 모 2 잡종, 분자 형광 보완성, 분할 luciferase 단백질 단백질 상호 작용 연구 개발 되었습니다. 보완성, 그리고 공동-immunoprecipitation 분석 결과3. 이러한 방법을 발견 하 고 확인 하는 단백질 단백질 상호 작용에 좋은 동안, 그들은 일반적으로 비 양적 하 고 따라서 상호 작용 단백질 파트너 간의 선호도 대 한 제한 된 정보를 제공. 양적 풀-다운 바인딩 선호도 (예: 분리 상수 Kd)를 측정 하기 위해 사용할 수 있습니다 하지만 그것은 바인딩의 활동을 측정 하지 않습니다도 적용할 수 있는 그것은 Kd 는 부적당 한 것으로 인해 매우 낮은 때 신호 대 잡음 비율4. 표면 플라스몬 공명 (SPR) 분광학 단정 바인딩 활동 있지만 특정 표면 및 잠재적으로 반응5의 바인딩 속성을 바꿀 수 있는 표면에 1 개의 반응의 동원 정지 합니다. 또한, 빠른 연결 및 분리 속도5, 측정 하는 SPR 어렵습니다 그리고 그것은 SPR 교환 단백질 복잡 한 소 단위 단백질의 이벤트 특성을 사용 하 여 적절 한. 여기, 우리는 단백질 복잡 한 조립과 해체 밀리초 시간 규모에서의 속도 측정을 허용 하는 방법을 설명 합니다. 이 방법은 F 상자 단백질 교환 요소6,7 C율 린-ssociated-Nedd8-dissociated 단백질 1 (Cand1)의 역할을 결정 하기 위한 필수적 이었다.

Cand1은 Cullin 링 유비퀴틴 ligases의 큰 가족에 속하는 Skp1•Cul1•F 상자 단백질 (SCF) E3 ligases의 역학을 조절. SCFs 바인딩 링 도메인 단백질 Rbx1, Cul1 및 기판 신병 및 Cul1 접합 기 단백질 Skp18통해 바인딩하는 상호 교환 F 상자 단백질 cullin로 구성 됩니다. E3 리가 SCF catalyzes 유비퀴틴의 기판에의 활용 그리고 기판 F 상자 단백질에 의해 모집 및 Cul1 유비퀴틴-같은 단백질 Nedd89에 의해 수정 될 때 활성화 됩니다. Cand1 수정 되지 않은 Cul1 한다 Cul1와 Skp1•F-상자 단백질의 협회와 Cul110,11,,1213Nedd8 활용을 모두 바인딩 시 방해. 결과적으로, Cand1 SCF 활동 생체 외에서의 억제제 등장 하지만 생물에서 Cand1 결핍 발생 vivo14,,1516 에 SCF 활동 조절에 Cand1의 긍정적인 역할을 제안 하는 결점 , 17.이 역설은 마지막으로 Cul1, Cand1, 및 Skp1•F 상자 단백질 간의 동적 상호 작용을 밝혀 양적 연구에 의해 설명 했다. 형광 공명 에너지 전달 (무서 워) 분석 실험 SCF 및 Cul1•Cand1 단지의 형성을 검출 하는 사용 하 여, 협회 및 분리 속도 상수 (k / k에서각각) 했다 개별적으로 측정. Cand1와 Skp1•F-상자 단백질 형태로 매우 엄격한 복잡 한 Cul1, 그러나에서 떨어져 k SCF의 Cand1에 의해 극적으로 증가 하 고 있는 k에서 Cul1•Cand1는 극적으로 증가 했다 측정 공개 Skp1•F-상자 단백질6,7여. 이 결과 Cul1 이전 SCF 단지에서 재활용을 통해 새로운 SCF 단지의 형성 catalyzes 단백질 교환 요인으로 Cand1의 역할을 정의 하기 위한 초기 및 중요 한 지원을 제공 합니다.

여기, 우리가 개발 하 고 무서 워 분석 결과 사용 하 여 Cul1•Cand1 복잡 한7의 역학 연구의 절차를 제시 하 고 다양 한 생체 역학 연구에 동일한 원리를 적용할 수 있습니다. 무서 워 기증자는 적절 한 파장에 흥분 하 고 기증자 방출 스펙트럼 중복 여기 스펙트럼과 수락자 10-100의 거리 내에 존재 하는 경우에 발생 합니다 Å. 흥분된 상태 함으로써 기증자 강도 감소 하 고 증가 하는 수락자 강도18수락자로 전송 됩니다. 무서 워 (E)의 효율성 포스터 반경 (R0) 및 (r), 기증자 및 수락자 fluorophores 사이의 거리에 따라 달라 집니다 그리고에 의해 정의 됩니다: E = R06/ (R0 6 + r6). 포스터 반경 (R0) 쌍 극 자 각도 방향 등 몇 가지 요인에 따라 달라 집니다, 그리고 기증자 수락자 쌍 및 솔루션의 스펙트럼 중복 사용19. 실시간으로 기증자 방출의 변화를 모니터링 하 고 빠른 k에k에서측정, 중지 흐름 fluorimeter에 무서 워 분석 결과 적용 하려면 그것은 효율적인 무서 워를 설정 하는 데 필요한 하 기증자 방출의 뜻깊은 감소에 있는 결과. 따라서, 염료를 연결할 대상 단백질에 형광 염료와의 적절 한 쌍을 선택 하 여 효율적인 무서 워 설계 중요 하 고이 프로토콜에서 설명 합니다.

Protocol

1입니다. 디자인 무서 워 분석 결과입니다. 복잡 한 Cul1•Cand1의 구조 파일 단백질 데이터 은행 (1U6G 파일)에서 다운로드 합니다. PyMOL에 복잡 한 Cul1•Cand1의 구조를 볼 수 있습니다. PyMOL의 마법사 메뉴에서 측정 함수를 사용 하 여 첫 번째 아미노산의 Cand1와 Cul1의 마지막 아미노산 사이 거리를 견적 하기 위하여 (그림 1). ?…

Representative Results

Cul1 사이 무서 워 테스트를AMC 및 플래시Cand1, 우리가 먼저 70의 방출 강도 결정 nM Cul1AMC (기증자)와 70 nM 플래시Cand1 (수락자), 각각 (그림 3A-C, 블루 라인). 각 분석에만 한 방출 피크는 현재, 그리고 플래시Cand1의 방출 (수락자) 낮은 했다. 때 70 nM 각 Cul1의AMC 및 플래시Cand1 무서 워 생성…

Discussion

무서 워 공부 하 고 이해 하는 생물 학적 시스템19에 대 한 큰 관심은 물리적 현상입니다. 여기, 우리는 테스트 및 무서 워 두 상호 작용 단백질의 바인딩 활동 연구를 사용 하 여 프로토콜 제시. 디자인할 때 무서 워, 우리 세 가지 주요 요소를 고려: 기증자 방출 및 수락자 여기, 두 fluorophores fluorophores28의 쌍 극 자 방향 사이의 거리 사이의 스펙트럼 중복. 무서 워…

Divulgations

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

무서 워 분석 결과의 개발에 대 한 통찰력이 토론에 감사 슈 Ou Shan (캘리포니아 공과대학) 하 고. 밀리, Y.Z., 및 X.L. Y.Z. 퍼듀 대학교에서 시작 기금에 의해 투자 되었다 그리고 X.L.This 일 식물 생물학에 대 한 퍼듀 대학 센터에서 종자 교부 금에 의해 부분에서 지원 했다.

Materials

Anion exchange chromatography column GE Healthcare 17505301 HiTrap Q FF anion exchange chromatography column
Benchtop refrigerated centrifuge Eppendorf 2231000511
BL21 (DE3) Competent Cells ThermoFisher Scientific C600003
Calcium Chloride Fisher Scientific C78-500
Cation exchange chromatography column GE Healthcare 17505401 HiTrap SP Sepharose FF
Desalting Column GE Healthcare 17085101
Floor model centrifuge (high speed) Beckman Coulter J2-MC
Floor model centrifuge (low speed) Beckman Coulter J6-MI
Fluorescence SpectraViewer ThermoFisher Scientific https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
FluoroMax fluorimeter HORIBA FluoroMax-3
FPLC GE Healthcare 29018224
GGGGAMC peptide New England Peptide custom synthesis
Glutathione beads GE Healthcare 17075605
Glycerol Fisher Scientific G33-500
HEPES Fisher Scientific BP310-100
Isopropyl-β-D-thiogalactoside (IPTG) Fisher Scientific 15-529-019
LB Broth Fisher Scientific BP1426-500
Ni-NTA agarose Qiagen 30210
Ovalbumin MilliporeSigma A2512
pGEX-4T-2 vector GE Healthcare 28954550
Protease inhibitor cocktail MilliporeSigma 4693132001
Reduced glutathione Fisher Scientific BP25211
Refrigerated shaker Eppendorf M1282-0004
Rosetta Competent Cells MilliporeSigma 70953-3
Size exclusion chromatography column GE Healthcare 28990944 Superdex 200 10/300 GL column
Sodium Chloride (NaCl) Fisher Scientific S271-500
Stopped-flow fluorimeter Hi-Tech Scientific SF-61 DX2
TCEP·HCl Fisher Scientific PI20490
Thrombin MilliporeSigma T4648
Tris Base Fisher Scientific BP152-500
Ultrafiltration membrane MilliporeSigma UFC903008 Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units, Ultra-15, 30,000 NMWL

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Citer Cet Article
Garsamo, M., Zhou, Y., Liu, X. Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale. J. Vis. Exp. (145), e59038, doi:10.3791/59038 (2019).

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