Этот протокол позволяет выявить влияние профагов на их хозяев. Бактериальные культуры синхронизируются с использованием условий, которые наилучшим образом поддерживают лизогенное состояние, ограничивая спонтанную индукцию. ОТ-кПЦР однозначно отличает гены, ограниченные профагами, и гены, не связанные с контролем фагов, от генов, экспрессируемых во время цикла литической репликации.