Journal
/
Genética
/
Assisterat urval av biomarkörer genom linjär diskriminant analyseffektstorlek (LEfSe) i mikrobiomdata
JoVE Revista
Genética
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Assisterat urval av biomarkörer genom linjär diskriminant analyseffektstorlek (LEfSe) i mikrobiomdata

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

LEfSe (LDA Effect Size) är ett verktyg för högdimensionell biomarkörbrytning för att identifiera genomiska egenskaper (såsom gener, vägar och taxonomier) som signifikant karakteriserar två eller flera grupper i mikrobiomdata.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Laser-assisted cytoplasmatisk mikroinjektion i Boskap Zygoter

Transcriptomic Analys av<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing data via Tuxedo Suite på Galaxy Project

Tvåriktad retroviral integrationsplats PCR-metodik och kvantitativ dataanalys arbetsflöde

Urval-beroende och oberoende generering av CRISPR / Cas9-medierade genknockouts i däggdjursceller

Provberedning och analys av RNASeq-baserade gen uttryck Data från zebrafisk

Utforska den roten mikrobiomet: extrahera bakteriell gemenskapen Data från jord, odlingsbädden och rot Endosphere

Datoriserad analys av sekvensdata från Batch jäst 2-Hybrid skärmar

Enda Droplet Digital polymeraskedjereaktion för omfattande och samtidiga detektion av mutationer i Hotspot områden

Utredning av den transkriptionella roll som en RUNX1 Intronic ljuddämpare av CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein i akut myeloisk leukemi celler

Tomat rotomvandling följt av inokulering med Ralstonia Solanacearum för enkel genetisk analys av bakteriell vissna sjukdom

Read Article