Journal
/
Genética
/
Вспомогательный выбор биомаркеров по размеру эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) в данных микробиома
JoVE Revista
Genética
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Вспомогательный выбор биомаркеров по размеру эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) в данных микробиома

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

LEfSe (LDA Effect Size) - это инструмент для многомерного анализа биомаркеров для выявления геномных особенностей (таких как гены, пути и таксономии), которые значительно характеризуют две или более группы в данных микробиома.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Помощью лазера цитоплазматических микроинъекции в животноводстве зиготы

Транскриптомный Анализ<em> C</em>.<em> Элеганс</em> РНК Секвенирование данных через Tuxedo люкс по проекту Galaxy

Двунаправленная ретровирусная интеграция сайта Методология ПЦР и количественный анализ данных

Отборочное и независимое генерирование CRISPR / Cas9-опосредованных генов-нокаутов в клетках млекопитающих

Пробоподготовки и анализа данных на основе RNASeq ген выражение данио рерио

Изучения корня микрофлора: извлечение данных бактериальных сообщества из почвы, ризосфере и корень Endosphere

Информатики анализ последовательности данных из пакетного дрожжи 2-гибрид экраны

Одной капли цифровой полимеразной цепной реакции для комплексного и одновременного обнаружения мутаций в регионах Hotspot

Исследование транскрипционной роли интронического глушителя RUNX1 от CRISPR/Cas9 Рибонуклеопротеин в острых миелоидных клеток лейкемии

Томатный корень Преобразование После прививки с Ralstonia Solanacearum для straightforward генетического анализа бактериальной болезни Wilt

Read Article