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Seleção Assistida de Biomarcadores por Tamanho de Efeito de Análise Discriminante Linear (LEfSe) em dados de microbioma
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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Seleção Assistida de Biomarcadores por Tamanho de Efeito de Análise Discriminante Linear (LEfSe) em dados de microbioma

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

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LEfSe (LDA Effect Size) é uma ferramenta para mineração biomarcadora de alta dimensão para identificar características genômicas (como genes, caminhos e taxonomias) que caracterizam significativamente dois ou mais grupos em dados de microbioma.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

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