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Unterstützte Auswahl von Biomarkern durch lineare Diskriminanzanalyse-Effektgröße (LEfSe) in Mikrobiomdaten
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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
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Unterstützte Auswahl von Biomarkern durch lineare Diskriminanzanalyse-Effektgröße (LEfSe) in Mikrobiomdaten

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

LEfSe (LDA Effect Size) ist ein Werkzeug für das hochdimensionale Biomarker-Mining zur Identifizierung genomischer Merkmale (wie Gene, Signalwege und Taxonomien), die zwei oder mehr Gruppen in Mikrobiomdaten signifikant charakterisieren.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

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