Journal
/
Genética
/
Geassisteerde selectie van biomarkers door lineaire discriminante analyse-effectgrootte (LEfSe) in microbioomgegevens
JoVE Revista
Genética
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Geassisteerde selectie van biomarkers door lineaire discriminante analyse-effectgrootte (LEfSe) in microbioomgegevens

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

LEfSe (LDA Effect Size) is een hulpmiddel voor hoogdimensionale biomarkermijnbouw om genomische kenmerken (zoals genen, paden en taxonomieën) te identificeren die twee of meer groepen in microbioomgegevens aanzienlijk karakteriseren.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Laser-assisted Cytoplasmatische Micro-injectie in Livestock Zygotes

Transcriptoom analyse<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing gegevens via de Tuxedo Suite op de Galaxy Project

Tweerichtings retrovirale integratie site PCR methodologie en kwantitatieve data analyse werkstroom

Selectieafhankelijke en onafhankelijke generatie van CRISPR / Cas9-gemedieerde Gene Knockouts in zoogdiercellen

Bereiding van de monsters en de analyse van de RNASeq gebaseerde gen expressie gegevens uit de zebravis

Verkennen van de wortel Microbiome: extraheren van gegevens van de bacteriële Gemeenschap uit de bodem, de rhizosfeer, en de wortel Endosphere

Informatic analyse van sequencedata van Batch gist 2-Hybrid schermen

Één druppel digitale Polymerase-kettingreactie voor alomvattende en gelijktijdige detectie van mutaties in Hotspot regio 's

Onderzoek naar de transcriptionele rol van een RUNX1 Intronic geluiddemper door crispr/Cas9 Ribonucleoprotein in acute myeloïde leukemie cellen

Tomato Root Transformatie gevolgd door inenting met Ralstonia Solanacearum voor eenvoudige genetische analyse van bacteriële wilt ziekte

Read Article