Journal
/
Genética
/
Assisteret udvælgelse af biomarkører ved lineær diskriminantanalyseeffektstørrelse (LEfSe) i mikrobiomdata
JoVE Revista
Genética
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Assisteret udvælgelse af biomarkører ved lineær diskriminantanalyseeffektstørrelse (LEfSe) i mikrobiomdata

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

LEfSe (LDA Effect Size) er et værktøj til højdimensionel biomarkørminedrift til at identificere genomiske træk (såsom gener, veje og taksonomier), der signifikant karakteriserer to eller flere grupper i mikrobiomdata.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

Laser-assisteret Cytoplasmatisk Mikroinjektion i Livestock Zygoter

Transkriptom Analyse af<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA sekventering data via Tuxedo Suite på Galaxy-projektet

Tovejs Retroviral Integration Site PCR Metode og Quantitative Data Analysis Workflow

Udvælgelsesafhængig og uafhængig generering af CRISPR / Cas9-medierede Gene Knockouts i Pattedyrceller

Forberedelse af prøver og analyser af RNASeq-baseret genekspression Data fra zebrafisk

At udforske Root Microbiome: udtrække bakteriel Fællesskabets Data fra jord, rhizosfære og rod Endosphere

IT analyse af sekvens Data fra Batch gær 2-Hybrid skærme

Enkelt dråbe Digital Polymerase Chain Reaction for omfattende og samtidige påvisning af mutationer i Hotspot regioner

Undersøgelse af den transkriptionelle rolle af en RUNX1 intronic LYDDÆMPER af crispr/Cas9 ribonucleoprotein i akutte myeloid leukæmiceller

Tomatrod Transformation Efterfulgt af podning med Ralstonia Solanacearum for ligetil genetisk analyse af bakteriel visnesygdom

Read Article