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Genética
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通过微生物组数据中的线性判别分析效应大小(LEfSe)辅助选择生物标志物
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Genética
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JoVE Revista
Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
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通过微生物组数据中的线性判别分析效应大小(LEfSe)辅助选择生物标志物
DOI:
10.3791/61715-v
•
04:57 min
•
May 16, 2022
•
Fang Chang*
1
,
Shishi He*
2
,
Chenyuan Dang
1
Marine Resources Research Centre
,
Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T.
,
2
Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering
,
North China Electric Power University
,
3
School of Environmental Science and Engineering
,
Huazhong University of Science and Technology
Capítulos
00:04
Introduction
00:39
Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49
LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05
Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21
Conclusion
Summary
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LEfSe(LDA效应大小)是一种用于高维生物标志物挖掘的工具,用于识别基因组特征(例如基因,途径和分类法),这些特征显着表征微生物组数据中的两个或多个组。
Tags
Biomarker
Linear Discriminant Analysis
Effect Size
LEfSe
Microbiome
Biologic Groups
Statistical Differences
Genomic Biomarkers
Conda Environment
Data Format
LDA Calculation
Biomarker Plot
Cladogram
Single Biomarker Plot
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