Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Hanneke Okkenhaug; Laetitia Chauve; Fatemeh Masoudzadeh; Lars Okkenhaug; Olivia Casanueva

doi:10.3791/61136

Journal

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Biología

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벌레 정렬 및 Worm_CP, Caenorhabditis elegans에서 얻은 형광 이미지 데이터의 스트레이트 및 정량화를 위한 두 개의 오픈 소스 파이프라인

JoVE Revista
Biología

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Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

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벌레 정렬 및 Worm_CP, Caenorhabditis elegans에서 얻은 형광 이미지 데이터의 스트레이트 및 정량화를 위한 두 개의 오픈 소스 파이프라인

DOI:

10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

Hanneke Okkenhaug, Laetitia Chauve, Fatemeh Masoudzadeh, Lars Okkenhaug, Olivia Casanueva

¹Babraham Institute

Capítulos

00:05Introduction
00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
09:50Conclusion

Summary

Traducción Automática

웜 정렬/Worm_CP Caenorhabditis elegans 샘플을 곧게 하고 정렬하고 사전 학습 단계 없이 전체 웜 이미지 기반 assays를 득점하는 데 사용할 수 있는 간단한 FIJI/CellProfiler 워크플로우입니다. 우리는 고정 된 샘플에서 살아있는 동물 이나 지질 물방울에서 열 충격 유도 발현의 정량화에 웜 정렬 /Worm_CP 적용했습니다.

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