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ワームアライメントとWorm_CP、カエノハブディティス・エレガンスから得られた蛍光画像データの矯正と定量化のための2つのオープンソースパイプライン
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May 28, 2020
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ワームアライン/Worm_CPは 、Caenorhabditis elegans サンプルをまっすぐにして整列させ、事前のトレーニング手順を必要とせずにワーム画像ベースのアッセイを採点するために使用できるシンプルなFIJI /CellProfilerワークフローです。生きた動物の熱ショック誘発発現や固定試料中の脂質滴の定量化に、ワームアライメント/Worm_CPを適用しました。
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Okkenhaug, H., Chauve, L., Masoudzadeh, F., Okkenhaug, L., Casanueva, O. Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (159), e61136, doi:10.3791/61136 (2020).
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