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Un protocollo per la Computer-Based Protein Structure Prediction e Funzione
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16:41 min
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November 03, 2011
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Linee guida per computer basato su caratterizzazione strutturale e funzionale di proteine utilizzando l'I-Tasser pipeline è descritto. Partendo dalla sequenza della proteina query, i modelli 3D sono generate utilizzando più allineamenti threading e iterativo simulazioni di assemblaggio strutturale. Inferenze funzionali sono successivamente redatto in base alle corrispondenze di proteine con struttura nota e funzioni.
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ProtocolComputer-basedProtein StructureFunction PredictionGenome Sequencing ProjectsProtein SequenceStructure And Function KnowledgeExperimental MethodsComputational ModelingI-TASSER ServerSecondary Structure PredictionSolvent Accessibility PredictionHomologous Template ProteinsStructure AlignmentsTertiary Structural ModelsStructure-based Functional AnnotationsConfidence ScoreEnd UsersUser-specified Inter-residue DistanceContact MapsI-TASSER ModelingTemplate ProteinsStructure Assembly Simulations
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Roy, A., Xu, D., Poisson, J., Zhang, Y. A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction. J. Vis. Exp. (57), e3259, doi:10.3791/3259 (2011).
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