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Un protocollo per la Computer-Based Protein Structure Prediction e Funzione
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Biología
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A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction
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Un protocollo per la Computer-Based Protein Structure Prediction e Funzione

DOI:
10.3791/3259-v

•

16:41 min

•

November 03, 2011

•

, , ,
1Center for Computational Medicine and Bioinformatics,University of Michigan , 2Center for Bioinformatics and Department of Molecular Bioscience,University of Kansas

Capítulos

  • 00:05Título
  • 02:21Running the I-TASSER Server
  • 03:37Structure Analysis
  • 05:58LOMETS Target Template Alignment
  • 07:30Structural Analogs in PDB and Enzyme Commission Number Prediction
  • 09:20Gene Ontology (GO) Term and Protein-ligand Bind site Predictions
  • 12:05Representative I-TASSER Results
  • 15:43Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

Linee guida per computer basato su caratterizzazione strutturale e funzionale di proteine ​​utilizzando l'I-Tasser pipeline è descritto. Partendo dalla sequenza della proteina query, i modelli 3D sono generate utilizzando più allineamenti threading e iterativo simulazioni di assemblaggio strutturale. Inferenze funzionali sono successivamente redatto in base alle corrispondenze di proteine ​​con struttura nota e funzioni.

Tags

ProtocolComputer-basedProtein StructureFunction PredictionGenome Sequencing ProjectsProtein SequenceStructure And Function KnowledgeExperimental MethodsComputational ModelingI-TASSER ServerSecondary Structure PredictionSolvent Accessibility PredictionHomologous Template ProteinsStructure AlignmentsTertiary Structural ModelsStructure-based Functional AnnotationsConfidence ScoreEnd UsersUser-specified Inter-residue DistanceContact MapsI-TASSER ModelingTemplate ProteinsStructure Assembly Simulations

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