Summary

Reverse Genetik zur Entwicklung von RNA-Virusvarianten mit positivem Sinn

Published: June 09, 2022
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Summary

Das Protokoll beschreibt eine Methode zur Einführung einer kontrollierbaren genetischen Vielfalt in das Genom des Hepatitis-C-Virus durch die Kombination von mutierter RNA-Synthese in voller Länge mit fehleranfälliger PCR und umgekehrter Genetik. Die Methode stellt ein Modell für die Phänotypauswahl dar und kann für 10 kb lange RNA-Virusgenome verwendet werden.

Abstract

Das Fehlen einer geeigneten Methode für die iterative Generierung verschiedener Virusvarianten in voller Länge hat die Untersuchung der gerichteten Evolution in RNA-Viren behindert. Durch die Integration einer fehleranfälligen PCR mit vollständigem RNA-Genom und umgekehrter Genetik kann eine zufällige genomweite Substitutionsmutagenese induziert werden. Wir haben eine Methode entwickelt, die diese Technik verwendet, um verschiedene Bibliotheken zu synthetisieren, um virale Mutanten mit Phänotypen von Interesse zu identifizieren. Diese Methode, die als Full-Length-Mutanten-RNA-Synthese (FL-MRS) bezeichnet wird, bietet die folgenden Vorteile: (i) die Möglichkeit, eine große Bibliothek über eine hocheffiziente, fehleranfällige PCR in einem Schritt zu erstellen; (ii) die Fähigkeit, Gruppen von Bibliotheken mit unterschiedlichem Grad an genetischer Vielfalt zu erstellen, indem die Genauigkeit der DNA-Polymerase manipuliert wird; iii) die Herstellung eines PCR-Produkts in voller Länge, das direkt als Vorlage für die Synthese mutierter RNA dienen kann; und (iv) die Fähigkeit, RNA zu erzeugen, die als nicht selektierter Input-Pool in Wirtszellen eingebracht werden kann, um nach viralen Mutanten des gewünschten Phänotyps zu suchen. Mit Hilfe eines reversen genetischen Ansatzes haben wir herausgefunden, dass FL-MRS ein zuverlässiges Werkzeug ist, um die virale Evolution in allen Stadien des Lebenszyklus des Hepatitis-C-Virus, JFH1-Isolat, zu untersuchen. Diese Technik scheint ein unschätzbares Werkzeug zu sein, um die gerichtete Evolution einzusetzen, um die Anpassung, Replikation und die Rolle viraler Gene in der Pathogenese und antiviralen Resistenz in RNA-Viren mit positivem Sinn zu verstehen.

Introduction

Das vorausschauende genetische Screening beginnt mit einem viralen Phänotyp von Interesse und versucht dann, durch Sequenzierung seines Genoms und Vergleich mit dem des ursprünglichen Stammes, die Mutation(en) zu identifizieren, die diesen Phänotyp verursachen. Im Gegensatz dazu werden bei umgekehrten genetischen Screenings zufällige Mutationen in ein Zielgen eingeführt, gefolgt von einer Untersuchung des resultierenden Phänotyps/der resultierenden Phänotypen1. Für den Ansatz der umgekehrten Genetik ist die In-vitro-Mutagenese die am weitesten verbreitete Technik, um einen Pool von Varianten zu erstellen, die anschließend auf interessante Phänotypen untersucht werden. Es wurden verschiedene genetische Werkzeuge beschrieben, um eine genomweite zufällige Mutagenese von RNA-Viren zu erreichen, darunter die fehleranfällige PCR (ep-PCR)2,3, die zirkuläre Polymerase-Erweiterung4 und die Mu-Transposon-Insertionsmutagenese 5,6,7. Die beiden letztgenannten Methoden liefern Bibliotheken mit begrenzter Sequenzvielfalt und sind anfällig für die Einführung großer Insertionen und Deletionen, die für Viren hochgradig tödlich sind und die Genesung infektiöser Virusvarianten stark einschränken.

ep-PCR ist eine bekannte, leistungsstarke Mutagenesetechnik, die im Protein-Engineering weit verbreitet ist, um mutierte Enzyme für die Auswahl von Phänotypen mit gewünschten Eigenschaften wie verbesserter thermischer Stabilität, Substratspezifität und katalytischer Aktivität zu generieren 8,9,10. Diese Technik ist einfach durchzuführen, da sie eine einfache Ausrüstung erfordert, keine langwierigen Manipulationen erfordert, handelsübliche Reagenzien verwendet und schnell ist. Darüber hinaus generiert es qualitativ hochwertige Bibliotheken.

Hier haben wir eine neuartige Methode zur Synthese von Mutanten-RNAs (FL-MRS) entwickelt, um vollständige Genome des Hepatitis-C-Virus (HCV) durch Integration von ep-PCR zu generieren, die eine zufällige genomweite Substitutionsmutagenese und umgekehrte Genetik induziert. Selbst die Insertion oder Deletion eines einzelnen Nukleotids ist für Positiv-Sense-RNA-Viren ([+]ssRNA) höchst schädlich; Daher ist die PCR-basierte Substitutionsmutagenese die bevorzugte Methode zur iterativen Generierung großer, vielfältiger Bibliotheken von vollständigen (+)ss-RNA-Virusgenomen mit guter Viabilität.

FL-MRS ist ein unkomplizierter Ansatz, der durch das sorgfältige Design eines Primer-Sets, das an den viralen cDNA-Klon bindet, auf jedes Positiv-RNA-Virus mit einer Genomlänge von ~10 kb angewendet werden kann. pJFH1 ist ein infektiöser cDNA-Klon, der für den HCV-Genotyp 2a kodiert und alle Schritte des Viruslebenszyklus rekapitulieren kann. Mit Hilfe des FL-MRS-Ansatzes demonstrierten wir die Synthese von zufällig mutagenisierten vollständigen Genombibliotheken (Mutant Libraries [MLs]), um replikationskompetente JFH1-Varianten zu erzeugen, für die es kein Vorwissen über die Eigenschaften gab, die mit Mutationen verbunden sind. Nach der Exposition gegenüber einem antiviralen Mittel überwanden einige der Virusvarianten schnell den Arzneimitteldruck mit der gewünschten phänotypischen Veränderung. Mit dem hier beschriebenen Protokoll kann eine Vielzahl von Virusvarianten erzeugt werden, was Möglichkeiten schafft, die Evolution von (+)ssRNA-Viren zu untersuchen.

Protocol

HINWEIS: Der hier verwendete JFH1-Stamm (WT) war ein freundliches Geschenk von Takaji Wakita, National Institute of Infectious Diseases. Die menschliche Hepatom-Zelllinie, Huh7.5, war ein freundliches Geschenk von Charles Rice, der Rockefeller University. Eine schematische Darstellung des Verfahrens ist in Abbildung 1 dargestellt. 1. Genomweite Substitutionsmutagenese von JFH1 mittels fehleranfälliger PCR Um ep-PCR durchzuführen, wird …

Representative Results

Eine Vielzahl von HCV-Varianten in voller Länge kann generiert und nach den in Abbildung 1 beschriebenen Verfahren auf arzneimittelresistente Phänotypen von Interesse untersucht werden. Vollständige Genommutantenbibliotheken wurden mit klonalem pJFH1 in abnehmenden Mengen (100-10 ng) synthetisiert, wie in Abbildung 2 dargestellt. Die durchschnittlichen Ausbeuten von ep-PCR-Produkten (Mutantenbibliotheken) lagen zwischen 3,8 und 12,5 ng/μL. <strong class="xfi…

Discussion

In dieser Studie haben wir ein einfaches und schnelles FL-MRS-Verfahren beschrieben, das ep-PCR18 und reverse Genetik für die Synthese von HCV-Vollgenombibliotheken integriert, die dann in einem Zellkultursystem verwendet werden können, um replikationskompetente Varianten für das Screening von arzneimittelresistenten Phänotypen zu generieren. Die Verwendung der Low-Fidelity-Taq-DNA-Polymerase ist eine Voraussetzung für die ep-PCR, die den Einbau von Substitutionen während der PCR-Amplifikati…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Diese Studie wurde vom Department of Biotechnology der indischen Regierung finanziell unterstützt (Fördernummer BT/PR10906/MED/29/860/2014).

Materials

1 kb plus DNA ladder  Thermo Fisher 10787018
1.5 ml centrifuge tube Tarsons 500010
15 ml centrifuge tube Tarsons 546021
35 mm cell culture dish  Tarsons 960010
50 ml centrifuge tube Tarsons 546041
Acetic acid Merck A6283
Agarose  HiMedia MB080
Agrose gel electrophoresis unit BioRad 1704406
Biosafety Cabinet, ClassII ESCO AC2 4S
Bovine serum albumin HiMedia MB083
Centrifuge  Eppendorf 5424-R
CFX Connect Real-Time PCR Detection System BioRad 1855201
Cloning plates 90 mm  Tarson 460091
CO2 Incubator  New Brunswick Galaxy 170R
Colibri Microvolume Spectrometer Titertek-Berthold 11050140
DAB Substrate Kit  Abcam ab94665
dATP Solution NEB N0440S
Deoxynucleotide (dNTP) Solution Set NEB N0446
Diethyl Pyrocarbonate (DEPC)  SRL chemical 46791
Dimethyl sulphoxide (DMSO) HiMedia MB058
DMEM high glucose Lonza BE12-604F
EcoR1-HF NEB R3101
EDTA tetrasodium salt dihydrate HiMedia GRM4918
Ethidium Bromide Amresco X328
Fetal bovine serum  Gibco 26140079
Formaldehyde  Fishser Scientific 12755
Gel Documentation System ALPHA IMAGER
Goat anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP Thermo Fisher A16066
Hydrogen peroxide 30% Merck 107209
Inverted microscope Nickon  ECLIPSE Ts2
LB broth  HiMedia M1245
Lipofectamine 2000  Thermo Fisher 116680270 transfection reagent
Mechanical Pipette Set Eppendorf   3120000909
Methanol Merck 106009
Micro Tips 0.2-10 µl  Tarsons 521000
Micro Tips 10 – 100 µl  Tarsons 521010
Micro Tips 200-1000 µl  Tarsons 521020
MOPS buffer  GeNei 3601805001730
Nonessential aminoacids (NEAA) Gibco 11140050
One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli Invitrogen C404010 E.coli DH5α
Opti-MEM Gibco 1105-021 minimal essential medium
PCR tubes 0.2 ml Tarsons 510051
Pencillin/streptomycin  Gibco 15070063
pGEM-T Easy Vector System Promega A1360 T-vector DNA
Phosphate buffer saline (PBS) HiMedia TI1099
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase NEB M0530S
Pibrentasvir Cayman Chemical 27546
Pipette controller  Gilson  F110120
Platinum Taq DNA Polymerase  Thermo 10966034
Prism GraphPad statistical analysis software
QIAamp Viral RNA Mini kit  Qiagen 52904 viral isolation kit
QIAprep Spin Miniprep Kit Qiagen 27106
QIAquick PCR Purification Kit QIAGEN 28104 cokum purification kit
RNeasy Mini Kit  QIAGEN 74104 RNA cleanup kit
Serological Pipettes 25 ml Thermo Fisher 170357N
Serological Pipettes 5 ml Thermo Fisher 170355N
Serological Pipettes10 ml Thermo Fisher 170356N
Single strand RNA Marker 0.2-10 kb Merck R7020
Skim milk  HiMedia M530
Sodium azide 0.1 M solution Merck 8591
SuperScript III Reverse Transcriptase  Invitrogen 18080044 reverse transcriptase
T100 Thermal Cycler BioRad 1861096
T175 cell culture flask  Tarsons 159910
T25 cell culture flask  Tarsons 950040
T7 RiboMax Express Large Scale RNA Production System  Promega P1320  Large Scale RNA Production System 
T75 cell culture flask  Tarsons 950050
Taq DNA Polymerase Genetix Biotech (Puregene) PGM040
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Applied Biosystems 4392653
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Thermo Fisher 4392653 commercial qRT-PCR kit 
TOPO-XL–2 Complete PCR Cloning Kit Thermo Fisher K8050-10 kit for cloning of long-PCR product 
Tris base HiMedia TC072
Trypsin-EDTA solution HiMedia TCL007
Tween 20 HiMedia MB067
Vacuum Concentrator  Eppendorf, Concentrator Plus 100248
Water bath  GRANT JBN-18
Xba1 NEB R0145S

Referencias

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Soni, S., Agarwal, S., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Reverse Genetics to Engineer Positive-Sense RNA Virus Variants. J. Vis. Exp. (184), e63685, doi:10.3791/63685 (2022).

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