Esse protocolo permite revelar o impacto dos prófagos em seus hospedeiros. As culturas bacterianas são sincronizadas usando condições que melhor suportam o estado lisogênico, limitando a indução espontânea. A RT-qPCR distingue inequivocamente os genes restritos ao prófago e aqueles desacoplados do controle do fago daqueles que são expressos durante o ciclo de replicação lítica.