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Identification des contacts Enhancer-Promoteur dans les corps embryonnaires par capture quantitative de conformation des chromosomes (4C)
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Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture (4C)
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Identification des contacts Enhancer-Promoteur dans les corps embryonnaires par capture quantitative de conformation des chromosomes (4C)

DOI:
10.3791/60960-v

•

10:02 min

•

April 29, 2020

•

, , ,
1Center for Genomic Regulation (CRG),The Barcelona Institute of Science and Technology, 2Universitat Pompeu Fabra, 3Vall d’Hebron Institute of Oncology

Kapitel

  • 00:04Introduction
  • 00:42Embyroid Body Generation
  • 02:51Dissociation of EBs
  • 03:48Fixation
  • 04:21Cell Lysis
  • 05:03Restriction Enzyme Digestion
  • 06:34DNA Shearing and Size Selection
  • 07:31Results: Enhance-Promoter Contacts During EB Differentiation
  • 09:13Conclusion

Summary

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Nous rapportons l’application de la capture quantitative de conformation de chromosome suivie du séquençage à haut débit dans les corps embryonnaires générés par les cellules souches embryonnaires. Cette technique permet d’identifier et de quantifier les contacts entre les exhausteurs putatifs et les régions promoteurs d’un gène donné lors de la différenciation des cellules souches embryonnaires.

Tags

4CChromosome Conformation CaptureEnhancer-promoter ContactsEmbryoid BodiesMouse Embryonic Stem CellsGene RegulationCis-regulatory ElementsChromatin InteractionsCell CultureCell Differentiation

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