نحن تصف منهجية لإجراء تحليل وراثي في الكلاميديا يعتمد على الطفرات الكيميائية وكامل تسلسل الجينوم. وبالإضافة إلى ذلك، يوصف نظام لتبادل الحمض النووي داخل الخلايا المصابة التي يمكن استخدامها لرسم الخرائط الوراثية. قد تكون هذه الطريقة المطبقة على نطاق واسع لأنظمة الميكروبية التي تفتقر إلى نظم التحول والأدوات الوراثية الجزيئية.