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生物化学
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强大的单颗粒冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 处理工作流程,具有冷冻 SPARC、RELION 和 Scipion
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生物化学
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生物化学
A Robust Single-Particle Cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) Processing Workflow with cryoSPARC, RELION, and Scipion
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Click here for the English version.
强大的单颗粒冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 处理工作流程,具有冷冻 SPARC、RELION 和 Scipion
DOI:
10.3791/63387-v
•
13:43 min
•
January 31, 2022
•
Megan C. DiIorio
,
Arkadiusz W. Kulczyk
2
1
Institute for Quantitative Biomedicine
,
Rutgers University
,
2
Department of Biochemistry & Microbiology
,
Rutgers University
Chapters
00:04
Introduction
00:56
Creating a New CryoSPARC v3 Project and Importing Data
01:34
CryoSPARC v3: Movie Alignment and Contrast Transfer Function (CTF) Estimation
02:52
CryoSPARC v3: Manual and Template-Based Particle Picking
04:21
CryoSPARC v3: 2D Classification
04:52
CryoSPARC v3:
Ab-initio
Reconstruction and Homogeneous Refinement
05:31
Exporting Particle Coordinates from CryoSPARC v3 and Importing Them to RELION-3 Using PyEM
05:56
RELION-3: Particle Extraction and 2D Classification, 3D Refinement, Mask Creation, and Post-Processing
07:41
RELION-3: Polishing Training, Particle Polishing, CTF, and Per-Particle Refinements
09:15
Transferring RELION-3 Particle Coordinates and 3D Map to Scipion 3
10:05
Scipion 3: High-Resolution Refinement
11:21
Results: Using cryoSPARC v3, RELION-3, and Scipion 3 to Obtain a High-Resolution 3D Reconstruction of the Adeno-Associated Virus
12:52
Conclusion
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本文介绍了如何有效利用三种冷冻电镜处理平台,即 cryoSPARC v3、RELION-3 和 Scipion 3,创建适用于各种单颗粒数据集的单一且强大的工作流程,以实现高分辨率结构测定。
Tags
Cryo-EM
Single-particle Analysis
CryoSPARC
RELION
Scipion
Adeno-associated Virus
Gene Therapy
Patch Motion Correction
CTF Estimation
Micrograph Curation
Manual Particle Picking
Template Generation
Particle Extraction
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