Одночастичный анализ в криоэлектронной микроскопии является одним из основных методов, используемых для определения структуры биологических ансамблей с высоким разрешением. Scipion предоставляет инструменты для создания всего конвейера для обработки информации, полученной микроскопом, и достижения 3D-реконструкции биологического образца.