تتطلب اختبارات الحمض النووي البيئية تصميما واختبارا وتحسينا وتحققا دقيقا قبل بدء جمع البيانات الميدانية. هنا، نقدم بروتوكولا لأخذ المستخدمين من خلال كل خطوة لتصميم فحص qPCR خاص بالأنواع والقائم على المسبار للكشف عن الحمض النووي للأنواع المستهدفة وتحديد كميتها من العينات البيئية.