Journal
/
遗传学
/
Mikrobiyom Verilerinde Doğrusal Diskriminant Analizi Etki Boyutu (LEfSe) ile Biyobelirteçlerin Yardımlı Seçimi
JoVE 杂志
遗传学
需要订阅 JoVE 才能查看此.  登录或开始免费试用。
JoVE 杂志 遗传学
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Mikrobiyom Verilerinde Doğrusal Diskriminant Analizi Etki Boyutu (LEfSe) ile Biyobelirteçlerin Yardımlı Seçimi

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

自动翻译

自动翻译

LEfSe (LDA Etki Boyutu), mikrobiyom verilerinde iki veya daha fazla grubu önemli ölçüde karakterize eden genomik özellikleri (genler, yollar ve taksonomiler gibi) tanımlamak için yüksek boyutlu biyobelirteç madenciliği için bir araçtır.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

添加到播放列表

Usage Statistics

Related Videos

Lazer destekli Hayvancılık Zigotlann Sitoplazmik Mikroenjeksiyon

arasında Transkriptomik Analizi<em> C</em>.<em> elegans</emGalaxy Projesi Smokin Suite sayesinde> RNA Sıralama Veri

Çift Yönlü Retroviral Entegrasyon Sitesi PCR Metodolojisi ve Kantitatif Veri Analizi İş Akışı

Memeli Hücrelerinde CRISPR / Cas9 aracılı Gen Knockout'larının Seçime Bağlı ve Bağımsız Üretimi

Numune hazırlama ve analiz RNASeq tabanlı gen ifadesi verileri Zebra balığı

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Sıralı veri--dan toplu Maya 2-hibrid perde Bilişim Analizi

Tek damlacık dijital polimeraz zincir tepkimesi mutasyonlar Hotspot bölgelerde kapsamlı ve eşzamanlı algılanması için

Akut Miyeloid Lösemi Hücrelerinde CRISPR/Cas9 Ribonükleoprotein ile RUNX1 Intronic Susturucunun Transkripsiyonel Rolünün İncelendirin

Bakteriyel Solgunluk Hastalığının Basit Genetik Analizi için Ralstonia Solanacearum ile Aşılama Takip Domates Kökü Dönüşümü

Read Article